slvfe 中のエラー end of file during read refs/engref.01

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uran ry

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Feb 1, 2016, 6:02:19 PM2/1/16
to ermod-users
開発者の皆様
たびたびお世話になります、題意のようなエラーが出ているため、困っております。

GROMACS のトラジェクトリにたいしてsoln とrefs にてermodを実行したあと、
slvfe を実行しようとすると上のようなエラーになります。
refs に関してのファイルを添付しておきます。
挿入分子がことなる系に対してはslvfe は成功していますので、
実行プログラムに問題(コンパイルミスなど)があるということはないとおもうので、
多分、現在の設定ファイルに問題があるのだと思いますが、見ていただけますか?
よろしくおねがいします


必要かもしれないので、
参考までにsoln の情報もつけておきます
soln/MDinfo
12500 6
69 1 1 1 1 700
66 66 182000 69 1 3

挿入分子は 2番めの種類だけです


&ene_param
        boxshp = 1,
        cltype = 2,
        cmbrule = 0,
        elecut = 12,
        engdiv = 10,
        estype = 2,
        inptemp = 300,
        ljformat = 2,
        ljswitch = 3,
        lwljcut = 10,
        ms1max = 104,
        ms2max = 104,
        ms3max = 72,
        screen = 0.260284,
        sltspec = 2,
        slttype = 1,
        splodr = 4,
        upljcut = 12,
/

&hist
      eclbin=1.0e0, ecfbin=2.0e-3, ec0bin=2.0e-4, finfac=10.0e0,
        ecdmin=-300.000000, ecfmns=-0.20e0, ecdcen=0.0e0, eccore=300.0e0,
        ecdmax=1.0e38, pecore=200
/

浦野
engref.01
MDinfo
parameters_er

uran ry

unread,
Feb 1, 2016, 6:06:14 PM2/1/16
to ermod-users
すみません、情報が抜けていました

Ermod のバージョンは ERmod 0.3.4,

slvfe のパラメータファイルは
&fevars
inptemp=300.000000
/

です

2016年2月1日月曜日 18時02分19秒 UTC-5 uran ry:

Shun Sakuraba

unread,
Feb 1, 2016, 8:38:48 PM2/1/16
to ermod...@googlegroups.com
MDinfoを見ますと、soln側に6分子があるにもかかわらず、refs側に4分子しか無い事から、
soln/refsの対応が取れていないことが直接的にはエラーの原因かと思います。

gen_structure実行時に警告やエラーが出ていないか等ご確認下さい。
--
Shun SAKURABA, Ph.D.
Postdoc @ Asai Lab, Grad School of Frontier Sciences, U Tokyo

uran ry

unread,
Feb 3, 2016, 3:29:27 PM2/3/16
to ermod-users
桜庭様
返信ありがとうございます。
確かに、ライブラリ参照時に警告メッセージがでていました。

挿入分子が、力場的に部分に分割されていると働かないということなんですね。
回答を元にして、挿入分子が1種類になるようにすると、確かに実行されるようになりました。

ありがとうございます
浦野

2016年2月1日月曜日 20時38分48秒 UTC-5 Shun:
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