重元素錯体について

[Mitsuharu Noto]

開発者の皆様

お世話になっております。
納戸です。
ermod0.3.4+gromacsで計算を行っております。
そこで、わからない事があったのでご教授いただきたくお願い申し上げます。

重元素錯体を使用した系で
gen_structureで
Warning: Could not find appropriate atom type from mass ; replacing with carbon
との警告が出ました。
このまま進めて良いかどうかわかりませんでしたので
とりあえず次のステップを行ってみようと思い
solnのディレクトリで
gen_input　→　ermod
しました。
このとき、
The minimum of the energy coordinate is too large
のエラーが出ましたのでwikiに従い
parameters_er
の修正を行い再度ermodを実行し終了しました。
次にrefsでもermodを実行し終了しました。
この後、slvfeを実行した際、以下のエラーで終了しました。

At line 471 of file slvfe.F90 (unit = 71, file = 'refs/engref.01')
Fortran runtime error: End of file

対応していない元素の系を行ったのが問題だったのでしょうか？
初心者ですのでよくわからずtutorialを元に行っている段階ですので
間違った操作を行っているのかもしれませんが、よろしくお願いいたします。

納戸

[Nobuyuki MATUBAYASI]

納戸様

松林です。

> Warning: Could not find appropriate atom type from mass ; replacing with carbon

gen_structureで原子種を読み込みますが、これは各原子に質量を割り振るためです。

そして、ermodでは、溶質分子の中心を、その重心に設定しますが、

重心の計算にのみ、各原子の質量を使います。

溶質分子の場所は、例えば、ミセルの中心という具合に、

不均一系内で場所の設定が必要な時にのみ使います。

おそらく、納戸さんの計算は、系が均一溶媒で、

random positionに溶質を挿入していると予想しています

（insoriginやinspositionをparameters_erで設定していない）。

この場合、溶質が系内のどの場所にあっても構いませんので、

溶質中心が重心からずれていても問題になりません。

つまり、上記のwarningは無視しても構いません

solnのディレクトリで　gen_input　→　ermod　しました。このとき、
The minimum of the energy coordinate is too large
のエラーが出ましたのでwikiに従い　parameters_er
の修正を行い再度ermodを実行し終了しました。
次にrefsでもermodを実行し終了しました。
この後、slvfeを実行した際、以下のエラーで終了しました。
At line 471 of file slvfe.F90 (unit = 71, file = 'refs/engref.01')
Fortran runtime error: End of file

対応していない元素の系を行ったのが問題だったのでしょうか？

上に述べたように、おそらく、ここは問題ではありません。

https://sourceforge.net/p/ermod/tickets/17/ を見てください

（この内容は、tutorialに書くべきでしたが・・・）

特に、parameters_erの&histの数値は、solnとrefsで同じである必要があります。

つまり、solnで変えれば、同時に、refsでも変える必要があります。

結果として、soln/engsln.XXとrefs/engref.XXは同じ行数になるはずです。

上の点をご確認願えますか

[Mitsuharu Noto]

松林先生

お世話になっております。
納戸です。
お教えいただいた通りparameters_erを変更致しましたところ
問題なく終了しました。
ありがとうございました。
今後ともよろしくお願い致します。

納戸

2017年1月14日土曜日 19時31分04秒 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI: