No conozco los ARM de atmel pero te puedo hablar de ST. La nucleo viene con un STLINK incorporado, no te hace falta comprar un programador. Es mas, como es una placa NUCLEO, vos podes instalar el firmware de J-LINK totalmente gratis [1], lo que te deja hacer depuraciones mas avanzadas (inspector de variables vivas y muchos breakpoints). Otra cosa que esta muy buena es que el programador incorporado en la placa se puede usar con MCUs externos a través de una cabecera SWD, asi que incluso para tus propias placas no te va a hacer falta comprar un programador separado.
Por la diferencia de precio, no se. ST cobra muy poco por las placas NUCLEO (salen mas baratas que comprar un progamador solo), puede ser porque gastan mas en marketing, y los micros en si son muy baratos en cantidad.