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Hola,dejo mi opinion personal. Forks no me gustan por que no son algo del git, sino un adicional de github, va otras soluciones ofrecen soluciones similares pero no son parte del git. Obviamente si queremos trabajar con el repo de linux lo más fácil hacer un fork.
Hola,
Al parecer ese directorio es un submodulo de git. Osea una referencia a otro repo. Al parecer en el mismo hay cambios.
El git te está preguntando que querés hacer con los cambios en ese repo.
Donde hiciste Los cambios?
Saludos
Mariano