A senha do usuário root do Mysql não foi alterada também? Quando o atacante tem acesso privilegiado ao servidor, a primeira ação do mesmo é alterar a senha do usuário root do Mysql para, em seguida, fazer a 'arte'.
Vejam na documentação do Mysql como é fácil fazer isso:
Mais especificamente na seção C.5.4.1.3. Isso mostra a vulnerabilidade do banco, que é entregue como uma 'funcionalidade' de recuperação de acesso root.
Não é comum para nós, administradores de servidores Elastix, utilizar o usuário root do Mysql para fazer conexão ao banco. Normalmente utilizamos o usuário 'asteriskuser'. Por isso, é importante verificar se a senha root do Mysql não foi alterada, pois, caso tenha sido, qualquer ação de deleção de usuários criados ou alteração de senha de admin (do FreePBX no caso) não terá efeito nenhum.
Sugiro fortemente que os colegas ATIVEM o firewall do Elastix, e mais, não permitam conexão remota nas portas Web do Elastix e tampouco conexão remota no Banco de Dados.
Att.