Я думаю, тут дело не русских/английских буквах, тут дело в регистре. Фильтр syns_filter стоит после фильтра lowercase в цепочке фильтров. То есть токены приходят в syns_filter уже в нижнем регистре, и он просто не находит токен Киев для того, чтобы его заменить. Попробуйте перевести все буквы в списке синонимов в нижний регистр:
"synonyms": ["киев,kyiv", "jee,java"],