Hola.
¿Qué puertos?
El más fácil de usar es el serial, acá está la descripción del mismo.
http://wiki.emqbit.com/ecb-at91-serial-port
Acá hay dos ejemplos para el uso de GPIOs, desde espacio de usuario y
desde kernel.
http://svn.arhuaco.org/svn/src/emqbit/tools/AT91-GPIO/
http://wiki.emqbit.com/at91-gpio
Atte,
Nelson.-