Nova,
Te recomiendo leer un poco sobre linux, para habilitar interrupciones
creeria que tendrias que conocer un tanto el mapa de registros y
verificar que tal esta configurado el kernel en función de tus
necesidades, por ejemplo, yo en mi HW tuve que habilitar desde el
kernel el resto de los puertos serie.
Ademas te recomiendo leer
http://www.linuxfromscratch.org/ , te
explica como se conforma una distribución de linux desde cero,
dificilmente te escapes de aprenderlo.
Nunca olvides que estás sobre un sistema operativo.
Saludos
Lucas.