Fala galera.
Boa pergunta!!
Migrar apenas o que eh vital pro cliente e que a nova versao nao contempla.
Se nao tiver escolha, creio que migrar e refatorar para adequar codigo ao ax2012 seja melhor coisa possivel (dependendo refazer tudo)
Mudou mta coisa isso tem q ser analisado caso a caso a meu ver!!
Tomara q a ferrament de upgrade ajude nisso.
Outra coisa q da pra fazer eh talvez migrar esses legacy code para .net e fazer os calls para o assembly tentando minimizar contato com o sistema.
Vamos ver :)