ODF and SDF

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chienf...@gmail.com

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Mar 11, 2016, 2:49:03 AM3/11/16
to DSI Studio
Hi Frank

請問  只想要看Brain中某一點的ODF
是不是沒辦法直接用DSI Studio 看到呢?

那如果想看Brain中某一點的SDF  有辦法使用DSI studio 或 Matlab看到嗎

因為我想要知道ODF和SDF對Signal loss的容忍度  (有多少Signal loss的時候ODF及SDF會開始變形......)

謝謝!




Judith

Fang-Cheng Yeh

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Mar 11, 2016, 10:00:34 AM3/11/16
to dsi-s...@googlegroups.com
On Fri, Mar 11, 2016 at 2:49 AM, <chienf...@gmail.com> wrote:
> Hi Frank
>
> 請問 只想要看Brain中某一點的ODF
> 除了用 http://dsi-studio.labsolver.org/Manual/odf-visualization 的方法
> 是不是沒辦法直接用DSI Studio 看到呢?

在reconstruction時的advance option裡選ODF就可以看到了。

chienf...@gmail.com

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Mar 12, 2016, 10:11:41 AM3/12/16
to DSI Studio
謝謝!

chienf...@gmail.com

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Mar 12, 2016, 11:45:42 PM3/12/16
to DSI Studio, chienf...@gmail.com

http://dsi-studio.labsolver.org/Manual/odf-visualization
這裡的odfs存的似乎是全腦的ODF
請問我有辦法只存腦的某個Slice的ODF  或是知道哪些ODF是在我想要的Slice上嗎

chienf...@gmail.com

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Mar 13, 2016, 11:10:31 AM3/13/16
to DSI Studio, chienf...@gmail.com
您好
   我想用matlab看腦中某一Slice的ODFs
   load進來的dimension為[80,80,56]
   我想這代表Brain被分為56張Slice(不知是否正確
   
  我想看第30張slice的ODFs  但矩陣odfs的數量不是80*80*56  我不知道odfs中的哪些屬於第30張slice

  本來想說有ODF的voxel  fa0應該會不等於0
  也許可以用這個線索找到我想知道的第30張slice的ODFs

  但我寫了迴圈

   p=0;
   for i=1:358400
     if  fa0(i)~=0 
      p=p+1;

      end
   end

如果我剛才的假設正確


應該會p=70347(有ODF的voxel都會有fa0)
但不知道為什麼
算出來p=70325


請問為什麼會這樣呢  有ODF的voxel不是一定會有fa0嗎
我有其他辦法知道每個odfs的column對應於80*80*56矩陣中的哪個voxel嗎?

謝謝!
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chienf...@gmail.com

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Mar 13, 2016, 12:36:29 PM3/13/16
to DSI Studio, chienf...@gmail.com
另外想請問
   odfs = [odf0 odf1 odf2 odf3]
   這個odfs   321xn
   
   321就是所謂的Einstein length, ODF的321個擴散長度嗎?
   

  謝謝!  

Fang-Cheng Yeh

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Mar 13, 2016, 2:41:48 PM3/13/16
to dsi-s...@googlegroups.com
在右邊option下面的ODF rendering的position可以改變設定

On Sat, Mar 12, 2016 at 11:45 PM, <chienf...@gmail.com> wrote:
>
> http://dsi-studio.labsolver.org/Manual/odf-visualization
> 這裡的odfs存的似乎是全腦的ODF
> 請問我有辦法只存腦的某個Slice的ODF 或是知道哪些ODF是在我想要的Slice上嗎
>
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Fang-Cheng Yeh

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Mar 13, 2016, 2:46:46 PM3/13/16
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Fang-Cheng Yeh

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Mar 13, 2016, 2:50:37 PM3/13/16
to dsi-s...@googlegroups.com

chienf...@gmail.com

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Mar 13, 2016, 9:51:10 PM3/13/16
to DSI Studio, chienf...@gmail.com

  那請問
  我可以由
  index0 = reshape(index0,dimension);
  dir0 = odf_vertices(:,index0(7,50,6)+1); 
  得到ODF主軸的方向向量

  那我有辦法知道主軸及第二主軸的長度嗎?

Fang-Cheng Yeh

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Mar 13, 2016, 10:05:54 PM3/13/16
to dsi-s...@googlegroups.com
如果你用DSI, QBI, 或GQI,ODF的peak的值減去min(ODF)後就是fa0, fa1, fa2

--

chienf...@gmail.com

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Mar 14, 2016, 12:58:51 AM3/14/16
to DSI Studio
謝謝!
 
  所以第一主軸越長 the anisotropy values of the first fiber (fa0) 值就會越高
         第二主軸越長 the anisotropy values of the first fiber (fa1) 值就會越高?

Fang-Cheng Yeh

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Mar 14, 2016, 1:53:02 AM3/14/16
to dsi-s...@googlegroups.com
是的

--

chienf...@gmail.com

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Mar 14, 2016, 10:40:57 PM3/14/16
to DSI Studio
謝謝!!

安晨

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May 3, 2022, 11:26:07 AMMay 3
to DSI Studio
您好,我想请教下ODF是什么意思?我似乎在医学字典上没有找见关于ODF的缩写,它这个是什么意思啊?

Frank Yeh

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May 3, 2022, 12:46:42 PMMay 3
to dsi-s...@googlegroups.com
You may search google scholar to find the answer:
https://scholar.google.com/scholar?q=dMRI+ODF
Frank
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