DNA-kodesprogs-varianter (tegn på mutation i evolutionen)

6 views
Skip to first unread message

Jesus-loves-you

unread,
Jul 16, 2007, 8:14:00 AM7/16/07
to
"Jesus-loves-you" skrev
6778 news:12kmi.9$aX...@news.get2net.dk

Dette nyhedsindlæg indeholder følgende punkter:

1. Annullering

2.a DNA-kodesprogs-forskning 1 (4^3)
2.b Fragment-rester

3. DNA-kodesprogs-forskning 2 (4^2)

4. Kommentarer ang. t-RNA-opskriftskopier

-

Punkt 1.

ANNULLERING

Indenfor videnskab har vi det princip, at vi altid vælger den enkelst mulige
forklaring.

Jeg kommer derfor nu til at skulle "æde" mine egne ord.

Således har jeg bl.a. engang skrevet følgende:

6524 news:c2D1i.27$JY...@news.get2net.dk
6320 news:8c8Lh.22$i6...@news.get2net.dk
4995 news:fUFkf.1975$Cl2....@news000.worldonline.dk
4334 news:QmFNe.65341$Fe7.2...@news000.worldonline.dk
3590 news:rbQId.84864$Vf.37...@news000.worldonline.dk
>
> Der er flere varianter:
>
> === citat start ===
>
> Table 21-4
>
> Comparison of the Universal Nuclear DNA Code
> with Several Mitochondrial Codes
> for Five Triplets in Which They Differ
>
> Triplet code
> ________________________
> TGA ATA AGA AGG AAA
> _________________________________________
> Nuclear Stop Ile Arg Arg Lys
> Mitochondrial
> Mammalia Trp Met Stop Stop Lys
> Aves Trp Met Stop Stop Lys
> Amphibia Trp Met Stop Stop Lys
> Echinoderms Trp Ile Ser Ser Asn
> Insecta Trp Met Ser Stop Lys
> Nematodes Trp Met Ser Ser Lys
> Platyhelminth Trp Met Ser Ser Asn
> Cnidaria Trp Ile Arg Arg Lys
>
> === citat slut ====
>
> Kilde:
> Introduction to genetic analysis, 8. Edition
> Anthony Griffiths, Susan Wessler,Richard Lewontin, William Gelbart,
> Suzuki, Miller.
> W. H. Freeman and Company, New York (2005)
> Chapter 21, Evolutionary Genetics, 21.6 Origin of new genes, side 693
> ISBN 0-7167-4939-4
> EAN 9780716749394
> www.whfreeman.com
[ ... ]
> -
>
> *Alle* varianterne har det til fælles, at stop-koden i TGA (DNA ACT, m-RNA
> UGA) er blevet ændret til tryptofan. Det må derfor være sket *samtidig*,
> dene ændring INDEN yderligere ændringer er kommet til.
>
> Herefter kunne man umiddelbart forledes til at tro, at udviklingen
> *forgrener* sig, således som man traditionelt beskriver et stamtræ,
> men ...
>
> arh ... det skal ses:
>
> M-a-a Met Stop Stop -
> Insecta Met Ser Stop -
> Nematodes Met Ser Ser -
> Platyhelminth Met Ser Ser Asn
> Echinoderms - Ser Ser Asn
>
> ... de har ligesom "arven" noget fra hinanden *efter* differentieringen,
> og det er jo i grunden ret úlogisk.
>
> Det er ret usandsynligt, at en ændring ændres *tilbage* til
> udgangspunktet igen.
>
> Og det er også ret usandsynligt, at alle eventuelle mellemled skulle være
> uddøde.


DATA-sortering:

Triplet-koden TGA ATA AGA AGG AAA
m-RNA-koden UGA AUA AGA AGG AAA
DNA-koden ACT TAT TCT TCC TTT
t-RNA-anti-koden ACU UAU UCU UCC UUU
_________________________________________
Nuclear Stop Ile Arg Arg Lys 1
Cnidaria Trp Ile Arg Arg Lys 7
Ma-A-A Trp Met Stop Stop Lys 2
Insecta Trp Met Ser Stop Lys 4
Nematodes Trp Met Ser Ser Lys 5
Platyhelminth Trp Met Ser Ser Asn 6
Echinoderms Trp Ile Ser Ser Asn 3


Udfra denne sortering kan man se, at Nematodes i alle 5 triplet-koder
indeholder de store fællesnævnere; altså ...

Tryptofan-"blokken"
Methionin-"blokken"
Serin-"blokken"
Sertin-"blokken"
Lysin-"blokken"


Det mest enkle stamtræ er derfor følgende:

"ur-cellen"

00.01___________________________________
Nematodes Trp Met Ser Ser Lys 5

-

1. Ændring

3. varianter opstået

01.01_________________________Focus
Nematodes Trp Met Ser Ser Lys 5
Insecta Trp Met Ser Stop Lys 4

01.02_______________________________Focus
Nematodes Trp Met Ser Ser Lys 5
Platyhelminth Trp Met Ser Ser Asn 6

01.03________________Focus
Nematodes Trp Met Ser Ser Lys 5
N-2 Trp Ile Ser Ser Lys 5

-

2. Ændring

2. varianter opstået

02.01_____________________Focus
Insecta Trp Met Ser Stop Lys 4
Ma-A-A Trp Met Stop Stop Lys 2

02.02________________Focus
Platyhelminth Trp Met Ser Ser Asn 6
Echinoderms Trp Ile Ser Ser Asn 3

or ...

02.02_______________________________Focus
N-2 Trp Ile Ser Ser Lys 5
Echinoderms Trp Ile Ser Ser Asn 3

-

3. samt 4. Ændring

2. varianter opstået

03.01
04.01____________________Focus, Focus
N-2 Trp Ile Ser Ser Lys 5
N-3 Trp Ile Arg Ser Lys 5
Cnidaria Trp Ile Arg Arg Lys 7

-

5. led

1. variant opstået

05.01___________Focus
Cnidaria Trp Ile Arg Arg Lys 7
Nuclear Stop Ile Arg Arg Lys 1

-

De manglende 2 arter bliver da følgende:

Triplet-koden TGA ATA AGA AGG AAA
N-2 Trp Ile Ser Ser Lys 5
N-3 Trp Ile Arg Ser Lys 5

-

På den baggrund kan vi gøre os følgende konklusioner:


1.

Det er IKKE korrekt, at ...

> *Alle* varianterne har det til fælles, at stop-koden i TGA (DNA ACT, m-RNA
> UGA) er blevet ændret til tryptofan. Det må derfor være sket *samtidig*,
> dene ændring INDEN yderligere ændringer er kommet til.

Det forholder sig lige omvendt.

Triplet-koden TGA's ændring fra tryptofan til STOP-koden er det sidste led i
udviklingen (nr. 5).


2.

Det er ligeledes heller ej korrekt, at ...

> Herefter kunne man umiddelbart forledes til at tro, at udviklingen
> *forgrener* sig, således som man traditionelt beskriver et stamtræ,
> men ...
>
> arh ... det skal ses:
>
> M-a-a Met Stop Stop -
> Insecta Met Ser Stop -
> Nematodes Met Ser Ser -
> Platyhelminth Met Ser Ser Asn
> Echinoderms - Ser Ser Asn
>
> ... de har ligesom "arven" noget fra hinanden *efter* differentieringen,
> og det er jo i grunden ret úlogisk.

Stamtræet ovenfor *dokumenterer* således, at der er en ligefrem-proportional
udvikling.


3.

Endvidere er følgende heller ej korrekt ...

> Det er ret usandsynligt, at en ændring ændres *tilbage* til
> udgangspunktet igen.

Stamtræet ovenfor *dokumenterer* også her, at det IKKE er tilfældet.


4.

> Og det er også ret usandsynligt, at alle eventuelle mellemled skulle være
> uddøde.

Denne påstand forbliver sandfærdig, idet 2 arter undervejs er uddøde,
antagelig vis. De er i hvert fald IKKE blevet fundet endnu !


END-of-ANNULLERING

-

Punkt 2.a

DNA-kodesprogs-forskning 1 (4^3)

Denne nye iagttagelse ang. stamtræet er sådan set meget interessant -
forskningsmæssig set - idet vi rent faktisk nu har mulighed for at
*efterkontrollere* dets ægthed.

Download evt. m-RNA-koden's oversigtstabel fra ...
http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_code

Nematodes-DNA-kode-sproget ...

Compare-line:

Triplet-koden TGA ATA AGA AGG AAA
m-RNA-koden UGA AUA AGA AGG AAA
DNA-koden ACT TAT TCT TCC TTT
t-RNA-anti-koden ACU UAU UCU UCC UUU
_________________________________________
Nuclear Stop Ile Arg Arg Lys 1
Nematodes Trp Met Ser Ser Lys 5

... har således følgende sammensætning:

(markør '*' angiver hvor DNA-kode-varianterne forefindes)

Arginin
GCA
GCC
GCG
GCT

Isoleucin
TAA
TAG

Methionin
TAC
TAT *

Serin
AGA
AGC
AGG
AGT
TCA
TCC *
TCG
TCT *

Tryptofan
ACC
ACT *

STOP
ATC
ATT


Det, vi skal hæfte os ved her ang. Nematodes, er, at denne "ur-celle" IKKE
har kunnet benytte DNA-koderne ACT, TAT, TCT og TCC til produktion af
proteiner med aminosyrerne Isoleusin og Arginin samt ACT's "Stop-kode".

Med andre ord kan vi rent faktisk direkte nu gå ind og tjekke efter i
Nematodes Mitochondrie-DNA-kode-sekvens, og se *hvilke* triplet-koder cellen
reelt benytter.

Såfremt det så konstateres, at cellen alligevel benytter en af de 4
DNA-koder til ... (bla., bla., bla.,), da *beviser* dette, at ovenfor
stående stamtræ er forkert !

Et VIDUNDERLIGT dejligt forskningsprojekt, don't You think so ? ... :-)


På tilsvarende vis mht. de andre 5 varianter.

(De 2 uddøde arter kan - af gode grunde - IKKE efterforskes, men skulle de
en dag dukke op, da på tilsvarende vis også med dem.)

END-of-DNA-kodesprogs-forskning_1_(4^3)

-

Punkt 2.b

Fragment-rester:

Det forventes ligeledes at der i samtlige varianter muligvis kan forefindes
fragment-rester af et *tidligere* benyttet DNA-kodesprog.

Et eksempel:

Ur-cellen Nematodes har kunnet produksere fx. et enzym vha. sit
DNA-kodesprog, hvor en eller flere af de 4 nævnte DNA-koder har indgået
(hypotetisk set).

DNA-opskriften herpå er gået videre i arv til en (eller flere) af de nye
opståede varianter. Disse var:

DNA-koden ACT TAT TCT TCC TTT
Insecta Trp Met Ser Stop Lys
Platyhelminth Trp Met Ser Ser Asn
N-2 Trp Ile Ser Ser Lys

Men pga. DNA-kodesprogs-ændringen bliver enzymet højst sandsynligvis
*defekt*. Det gør dog ikke noget, da faktum jo ér, at livsformen eksisterer,
så enzymet har altså IKKE haft en vital betydning for organismen.

Det er igennem disse DNA-kodestumper, at vi vil kunne *dokumentere* den
rette stamtræs-sammenhæng !

END-of-Fragment-rester.

-

Punkt 3.

DNA-kodesprogs-forskning 2 (4^2)

Måske bemærkede en gæv gut (oder jente) hvor smukt Arginin og Serin her kom
til at se ud i den ovenfor stående Nematodes-tabel ... :-)

De udfylder således helt DNA-koderne GCx og AGx samt TCx, hvilket kunne
indikere, at der *forud* for det nuværende DNA-kode-system på 4^3 = 64
mulige nucleotid-koder, muligvis har været et ældre DNA-kode-system (før
"ur-cellen" Nematodes) bestående af blot 4^2 = 16 mulige necleotid-koder.

Den samlede DNA-kode oversigt for Nematodes, hvor alle 4 enheder benyttes,
er:

Alanin
CGx
Arginin
GCx
Glycin
CCx
Leucin
GAx
AAC ............... (se længere nede i tekst)
AAT ............... (se længere nede i tekst)
Prolin
GGx
Serin
AGx
TCx
Threonin
TGx
Valin
CAx

Undtagelserne er:

Phenylalanin
AAA
AAG

Cystein
ACA
ACG
Tryptofan
ACC
ACT *

Tyrosin
ATA
ATG
STOP-koden
ATC
ATT

Histidin
GTA
GTG
Glutamin
GTT
GTC

Asparaginsyre
CTA
CTG
Glutaminsyre
CTC
CTT

Isoleucin
TAA
TAG
Methionin
TAC ............... (virker også som START-kode)
TAT * ............. (virker antageligvis også som START-kode)

Asparagin
TTA
TTG
Lysin
TTC
TTT

Phenylalanin og Leycin (AAT, AAC) har muligvis tidligere hørt sammen.

På tilsvarende vis mht. ...

Cystein og Tryptofan
Tyrosin og STOP-koden
Histidin og Glutamin
Asparaginsyre og Glutaminsyre
Isoleucin og Methionin
Asparagin og Lysin


Vi bemærker et gennemgående karaktertræk her, idet *samtlige* koder enten
består af xxA og xxG eller xxC og xxT.

Det virker en "anelse" mystisk, rent ud sagt, fordi vi havde jo forventet en
*tilfældig* DNA-kodesprogs-opbygning.

Men måske hvis vi ser nærmere på de 4 nucleotider, da er der muligvis nogle
*påfaldne* ligheder; altså en naturlig forklaring:

Input memory from ...

6712 news:ipvii.35$FP1...@news.get2net.dk
>
> > NH2
> > |
> > C
> > / \\
> > CH N
> > || |
> > CH C=O
> > \ /
> > N
> > |
> >
> > cytosine
[ ... ]
> > C=O
> > / \
> > CH3-C N-H
> > || |
> > H-C C=O
> > \ /
> > N
> > |
(thymine)

Disse nucleotider indgår i DNA-nucleotid C og T

Her konstaterer vi, at molekylerne ser FORBAVSENDE *identiske* ud !!!

samt ...

> > NH2
> > |
> > C
> > / \\
> > N---C N
> > // || |
> > CH || |
> > \ || |
> > N---C C-H
> > | \ //
> > | N
> >
> > adenine
[ ... ]
> > C=O
> > / \
> > N---C N-H
> > // || |
> > CH || |
> > \ || |
> > N---C C-NH2
> > | \ //
> > | N
> >
> > guanine

Disse nucleotider indgår i DNA-nucleotid A og G

Her konstaterer vi ligeledes, at molekylerne ser FORBAVSENDE *identiske*
ud !!!


Det vil med andre ord sige, at vi muligvis har haft en ur-celle (eller
præ-celle), som benyttede blot 2-ud-af-4 muligheder.

Enter ...

A-T og T-A

Eller ...

C-G og G-C

Og dét var jo i grunden interessant at opdage, for hermed kan vi jo bedre
kortlægge udviklings-processen (dersom der er noget om snakken) ... :-)

Lad os prøve ad (let's try) ...

Syntaxet har altså muligvis været følgende:

xx2

Hmm ...

Kan vi forkorte dette syntax længere ned ?

1
Phenylalanin
AAA
AAG
Leucin
AAC ... har muligvis oprindelig været Phenylalanin, se GAx
AAT ... har muligvis oprindelig været Phenylalanin, se GAx

Valin
CAx
Leucin
GAx

Isoleucin
TAA ... har muligvis oprindelig været Methionin pga. START nødvendig
TAG ... har muligvis oprindelig været Methionin pga. START nødvendig
Methionin
TAC ............... (virker også som START-kode)
TAT * ............. (virker antageligvis også som START-kode)
2
Serin
AGx
Alanin
CGx
Prolin
GGx
Serin
TCx

3
Cystein
ACA ... unknown (enten Cystein eller Tryptofan i denne ACx-gruppe)
ACG ... unknown (enten Cystein eller Tryptofan i denne ACx-gruppe)
Tryptofan
ACC ... unknown (enten Cystein eller Tryptofan i denne ACx-gruppe)
ACT * ... unknown (enten Cystein eller Tryptofan i denne ACx-gruppe)

Glycin
CCx
Arginin
GCx
Threonin
TGx

4
Tyrosin
ATA ... har muligvis oprindelig været STOP, da denne er nødvendig
ATG ... har muligvis oprindelig været STOP, da denne er nødvendig
STOP-koden
ATC
ATT

Asparaginsyre
CTA ... unknown (enten Asp.syre eller Glu.syre i denne CTx-gruppe)
CTG ... unknown (enten Asp.syre eller Glu.syre i denne CTx-gruppe)
Glutaminsyre
CTC ... unknown (enten Asp.syre eller Glu.syre i denne CTx-gruppe)
CTT ... unknown (enten Asp.syre eller Glu.syre i denne CTx-gruppe)

Histidin
GTA ... unknown (enten Histidin eller Glutamin i denne GTx-gruppe)
GTG ... unknown (enten Histidin eller Glutamin i denne GTx-gruppe)
Glutamin
GTT ... unknown (enten Histidin eller Glutamin i denne GTx-gruppe)
GTC ... unknown (enten Histidin eller Glutamin i denne GTx-gruppe)

Asparagin
TTA ... unknown (enten Asparagin eller Lysin i denne TTx-gruppe)
TTG ... unknown (enten Asparagin eller Lysin i denne TTx-gruppe)
Lysin
TTC ... unknown (enten Asparagin eller Lysin i denne TTx-gruppe)
TTT ... unknown (enten Asparagin eller Lysin i denne TTx-gruppe)


DNA-kodesprogs-syntaxet (4^2) bliver da følgende:

1
Phenylalanin
AAx
Valin
CAx
Leucin
GAx
Methionin
TAx

2
Serin
AGx
Alanin
CGx
Prolin
GGx
Serin
TCx

3
Cystein eller Tryptofan
ACx
Glycin
CCx
Arginin
GCx
Threonin
TGx

4
STOP-koden
ATx
Asparaginsyre eller Glutaminsyre
CTx
Histidin eller Glutamin
GTx
Asparagin eller Lysin
TTx


Stemmer dette syntax overens med hvad eventuelt andre er kommet frem til ?

Teorien er altså, at ...

Vi har en levedygtig celle, som slet-og-ret overhovedet IKKE benytter den 3.
triplet-kode. Sidenhen (i evolutionen antageligvis) udvikles systemet til
også at benytte 2-ud-af-4 mulige, for dernæst igen endnu senere at benytte
alle 4 enheder i den 3. triplet-kode.


Et *praktisk* spørgsmål melder sig nu:

Kan en celle overleve ved blot at benytte maximalt 15 aminosyrer ?

Vi kan i hvert fald næsten forudsige *hvilke* aminosyrer, der i så fald IKKE
er blevet benyttet samtidig, og på den baggrund kan vi muligvis designe
proteinstoffer og her-ud-af konkludere, *om* disse stoffer overhovedet er
tilstrækkelig til at skabe funktionsdygtige stofskifteprocesser i en celle.

Dog er der et lille forbehold her:

Endskønt der blot anvendes 15 aminosyrer, da kan man godt forestille sig, at
der (via. syntesen af enzymer her osv.) dannes proteinstof med *ekstra*
aminosyrer.

Her er det så IKKE direkte selve DNA-kode-sekvensen, der identificerer disse
ekstra aminosyrer. De bliver som sagt koblet på sidenhen, akkurat som
eksempelvis formyl-methionin, når den indgår som startkode, bliver afkoblet
det færdigdannede protein ude i ribosomerne.

END-of-DNA-kodesprogs-forskning_2_(4^2)

-

Punkt 4.

Kommentarer ang. t-RNA-opskriftskopier

Evolutionsmæssig set kunne sådanne gentagelser være en fordel for en
organisme, idet der så kunne rådes bod på en eventuel defekt på dette vitale
område (a la en art ekstra reservehjul).

Spørgsmålet er derfor:

Ser vi dette fænomen i naturen ?

Jeg tror det faktisk ikke, fordi ...

I så fald vil vi jo så kunne forvente at finde et hav af varianter i
naturen, hvilket jo IKKE er tilfældet. Vi har således kun fundet 7 indtil
videre.

Hvor langt henne i forskningen er man angående dette ?

Er det så vigtigt ?
(kunne man dertil spørge)

Ja, i særdeleshed, fordi ...

De ændringer, vi er vidner til, at der er foregået i DNA-kode-sproget, må jo
så afstedkomme, at ...

Sorry, time-out ... :-(


END-of-Kommentarer_ang._t-RNA-opskriftskopier

-

END-of-"Animal"-hunter-program_Non-Maskable-Interrupt.

-

Last file-OUTPUT:
6785 news:7lEmi.7$MV...@news.get2net.dk


Med venlig hilsen,
Mogens Kall, The servant of Michael, the *fool* of Christ.
--
Info: 6562 news:Nz%2i.95$7J5...@news.get2net.dk
(use http://groups.google.dk/group/no.kultur.folklore.ufo/ ).
(or http://groups.google.dk/groups?q=Mogens+Kall&start=0&scoring=d& ).
File-number: 6786


Reply all
Reply to author
Forward
0 new messages