Nao colocaria empresa dentro do usuario, mais facil uma tabela de relacionamentos id_usuario - id_empresa, fica mais facil de manipular usuarios com varias empresas. E mantem um certo nivel de atomicidade no usuario rs.
Eu faria o login por CPF (ou e-mail), E empresa, tendo que selecionar a
empresa e informar o cpf. Veja que a não ser que force o usuário a ter um login diferente pra cada empresa, não terá como fugir de selecionar a empresa na hora do login.