Olá Ademir,
acho que o menu padrão do Admin é apenas um ponto de partida para que você possa visualizar rapidamente as suas classes no início do projeto.
Para uma aplicação real, raramente se vai usar pois ele é muito limitado. Por exemplo, ele não permite que se adicione opções de menu que não sejam classes (como relatórios ou outros elementos que precisem aparecer no menu).
Assim, a melhor opção na minha opinião é realmente utilizar apps externas. Eu uso o django-admin-tools e estou muito satisfeito, principalmente com os recursos de montar menus dinâmicos.
Um abraço,
Josir.