Oggi sono riuscito a configurare gli Agents.
Il problema sembra aleatorio tanto che su un server la configurazione degli Agents ha funzionato nel pomeriggio (ma non in mattinata) senza fare nulla sul server interessato.
Giusto per essere completi, dico che in un altro server il wizard ha funzionato dopo che ho copiato il file log4j.properties da $DOCUMENTUM_SHARED/config a $DOCUMENTUM_SHARED/IndexAgents (cioè dove è lo script che lancio per configurare il FT), così da eliminare un "warning" presente sul file di log chiamato install.log.
La ragione vera per cui ora la configurazione degli Agents ha funzionato ma spesso non funziona non la so.
Se scopro altro, lo scriverò qui.
Grazie e ciao.