Linking error when compiling with Trilinos

[Maxi Miller]

I set up a new dealII-installation on another computer, but when including Trilinos, it fails with (from CMakeError.log):

Performing C++ SOURCE FILE Test DEAL_II_HAVE_USABLE_FLAGS_DEBUG failed with the following output:
Change Dir: ~/Downloads/dealii/build/CMakeFiles/CMakeTmp

Run Build Command:"/usr/bin/gmake" "cmTC_b88e6/fast"
/usr/bin/gmake -f CMakeFiles/cmTC_b88e6.dir/build.make CMakeFiles/cmTC_b88e6.dir/build
gmake[1]: Entering directory `~/Downloads/dealii/build/CMakeFiles/CMakeTmp'
Building CXX object CMakeFiles/cmTC_b88e6.dir/src.cxx.o
~/local_opt/openmpi/bin/mpic++    -DDEAL_II_HAVE_USABLE_FLAGS_DEBUG -pedantic -fPIC -Wall -Wextra -Wpointer-arith -Wwrite-strings -Wsynth -Wsign-compare -Wswitch -Woverloaded-virtual -Wno-placement-new -Wno-deprecated-declarations -Wno-literal-suffix -fopenmp-simd -std=c++14 -fPIC -march=native -fopenmp -Wno-parentheses -Wno-unused-local-typedefs -Og -ggdb -Wa,--compress-debug-sections   -o CMakeFiles/cmTC_b88e6.dir/src.cxx.o -c ~/Downloads/dealii/build/CMakeFiles/CMakeTmp/src.cxx
Linking CXX executable cmTC_b88e6
~/local_opt/cmake/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/cmTC_b88e6.dir/link.txt --verbose=1
~/local_opt/openmpi/bin/mpic++   -DDEAL_II_HAVE_USABLE_FLAGS_DEBUG -pedantic -fPIC -Wall -Wextra -Wpointer-arith -Wwrite-strings -Wsynth -Wsign-compare -Wswitch -Woverloaded-virtual -Wno-placement-new -Wno-deprecated-declarations -Wno-literal-suffix -fopenmp-simd -std=c++14 -fPIC -march=native -fopenmp -Wno-parentheses -Wno-unused-local-typedefs -Og -ggdb -Wa,--compress-debug-sections    -rdynamic CMakeFiles/cmTC_b88e6.dir/src.cxx.o  -o cmTC_b88e6  -L~/local_opt/intel/tbb/lib/intel64/gcc4.7 -Wl,-rpath,~/local_opt/trilinos/lib:~/local_opt/boost/lib:~/local_opt/intel/tbb/lib/intel64/gcc4.7:~/local_opt/suitesparse/lib:~/local_opt/petsc/lib:~/local_opt/p4est/lib -rdynamic -fuse-ld=gold -Wl,-rpath -Wl,~/local_opt/openmpi/lib -Wl,--enable-new-dtags -ggdb /usr/lib64/libbz2.so /usr/lib64/libz.so ~/local_opt/trilinos/lib/libpike-blackbox.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtrilinoscouplings.so ~/local_opt/trilinos/lib/libpiro.so ~/local_opt/trilinos/lib/librol.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstokhos_muelu.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstokhos_ifpack2.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstokhos_amesos2.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstokhos_tpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstokhos_sacado.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstokhos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtempus.so ~/local_opt/trilinos/lib/librythmos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libmuelu-adapters.so ~/local_opt/trilinos/lib/libmuelu-interface.so ~/local_opt/trilinos/lib/libmuelu.so ~/local_opt/trilinos/lib/libmoertel.so ~/local_opt/trilinos/lib/liblocathyra.so ~/local_opt/trilinos/lib/liblocaepetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/liblocalapack.so ~/local_opt/trilinos/lib/libloca.so ~/local_opt/trilinos/lib/libnoxepetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libnoxlapack.so ~/local_opt/trilinos/lib/libnox.so ~/local_opt/trilinos/lib/libphalanx.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_expreval.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_mesh_fixtures.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_tools_lib.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_transfer_impl.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_search_util_base.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_search.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_unit_main.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_unit_test_utils.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_io_util.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_io.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_mesh_base.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_topology.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_util_use_cases.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_util_registry.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_util_diag.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_util_env.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_util_parallel.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_util_util.so ~/local_opt/trilinos/lib/libintrepid2.so ~/local_opt/trilinos/lib/libintrepid.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteko.so ~/local_opt/trilinos/lib/libfei_trilinos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libfei_base.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstratimikos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstratimikosbelos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstratimikosaztecoo.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstratimikosamesos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstratimikosml.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstratimikosifpack.so ~/local_opt/trilinos/lib/libifpack2-adapters.so ~/local_opt/trilinos/lib/libifpack2.so ~/local_opt/trilinos/lib/libanasazitpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libModeLaplace.so ~/local_opt/trilinos/lib/libanasaziepetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libanasazi.so ~/local_opt/trilinos/lib/libkomplex.so ~/local_opt/trilinos/lib/libplt.a ~/local_opt/trilinos/lib/libsvdi_cgi.a ~/local_opt/trilinos/lib/libsvdi_cdr.a ~/local_opt/trilinos/lib/libsuplib_cpp.so ~/local_opt/trilinos/lib/libsuplib_c.so ~/local_opt/trilinos/lib/libsuplib.so ~/local_opt/trilinos/lib/libsupes.so ~/local_opt/trilinos/lib/libaprepro_lib.so ~/local_opt/trilinos/lib/libchaco.so ~/local_opt/trilinos/lib/libio_info_lib.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIonit.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIotr.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIohb.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIogn.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIovs.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIopg.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIoss.so ~/local_opt/trilinos/lib/libamesos2.so ~/local_opt/trilinos/lib/libshylu.so ~/local_opt/trilinos/lib/libbelostpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libbelosepetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libbelos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libml.so ~/local_opt/trilinos/lib/libifpack.so ~/local_opt/trilinos/lib/libzoltan2.so ~/local_opt/trilinos/lib/libpamgen_extras.so ~/local_opt/trilinos/lib/libpamgen.so ~/local_opt/trilinos/lib/libamesos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libgaleri-xpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libgaleri-epetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libaztecoo.so ~/local_opt/trilinos/lib/libdpliris.so ~/local_opt/trilinos/lib/libisorropia.so ~/local_opt/trilinos/lib/liboptipack.so ~/local_opt/trilinos/lib/libxpetra-sup.so ~/local_opt/trilinos/lib/libxpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libthyratpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libthyraepetraext.so ~/local_opt/trilinos/lib/libthyraepetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libthyracore.so ~/local_opt/trilinos/lib/libdomi.so ~/local_opt/trilinos/lib/libepetraext.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtrilinosss.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpetraext.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpetrainout.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libkokkostsqr.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpetraclassiclinalg.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpetraclassicnodeapi.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpetraclassic.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtriutils.so ~/local_opt/trilinos/lib/libglobipack.so ~/local_opt/trilinos/lib/libshards.so ~/local_opt/trilinos/lib/libzoltan.so ~/local_opt/trilinos/lib/libepetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libminitensor.so ~/local_opt/trilinos/lib/libsacado.so ~/local_opt/trilinos/lib/librtop.so ~/local_opt/trilinos/lib/libkokkoskernels.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchosparser.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchoskokkoscomm.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchoskokkoscompat.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchosremainder.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchosnumerics.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchoscomm.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchosparameterlist.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchoscore.so ~/local_opt/trilinos/lib/libkokkosalgorithms.so ~/local_opt/trilinos/lib/libkokkoscontainers.so ~/local_opt/trilinos/lib/libkokkoscore.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpi.so ~/local_opt/trilinos/lib/libgtest.so ~/local_opt/boost/lib/libboost_program_options.so ~/local_opt/boost/lib/libboost_system.so ~/local_opt/superlu/lib64/libsuperlu.a -ltbb ~/local_opt/scotch/lib/libptscotch.a ~/local_opt/scotch/lib/libptscotcherr.a ~/local_opt/scotch/lib/libscotch.a ~/local_opt/scotch/lib/libscotcherr.a ~/local_opt/suitesparse/lib/libumfpack.so ~/local_opt/suitesparse/lib/libcholmod.so ~/local_opt/suitesparse/lib/libccolamd.so ~/local_opt/suitesparse/lib/libcolamd.so ~/local_opt/suitesparse/lib/libcamd.so ~/local_opt/suitesparse/lib/libsuitesparseconfig.so ~/local_opt/suitesparse/lib/libamd.so ~/local_opt/petsc/lib/libpetsc.so ~/local_opt/petsc/lib/libsuperlu_dist.so ~/local_opt/parmetis/lib/libparmetis.a ~/local_opt/metis/lib/libmetis.a /usr/lib64/liblapack.so /usr/lib64/libblas.so /usr/lib64/libhwloc.so /usr/lib64/libX11.so /usr/lib64/libssl.so /usr/lib64/libcrypto.so ~/local_opt/openmpi/lib/libmpi_usempif08.so ~/local_opt/openmpi/lib/libmpi_usempi_ignore_tkr.so ~/local_opt/openmpi/lib/libmpi_mpifh.so -ldl -lrt ~/local_opt/p4est/lib/libp4est.so ~/local_opt/p4est/lib/libsc.so /usr/lib64/libopenblas.so -lmpi_usempif08 -lmpi_usempi_ignore_tkr -lmpi_mpifh -lmpi -lgfortran -lquadmath -lm -lpthread -lc -lgcc_s -lgcc ~/local_opt/openmpi/lib/libmpi.so
~/local_opt/trilinos/lib/libmuelu-adapters.so: error: undefined reference to 'dmumps_c'
collect2: Fehler: ld gab 1 als Ende-Status zurück
gmake[1]: *** [cmTC_b88e6] Fehler 1
gmake[1]: Leaving directory `~/Downloads/dealii/build/CMakeFiles/CMakeTmp'
gmake: *** [cmTC_b88e6/fast] Fehler 2

Source file was:
int main(){ return 0; }
Performing C++ SOURCE FILE Test DEAL_II_HAVE_USABLE_FLAGS_DEBUG failed with the following output:
Change Dir: ~/Downloads/dealii/build/CMakeFiles/CMakeTmp

Run Build Command:"/usr/bin/gmake" "cmTC_fb02d/fast"
/usr/bin/gmake -f CMakeFiles/cmTC_fb02d.dir/build.make CMakeFiles/cmTC_fb02d.dir/build
gmake[1]: Entering directory `~/Downloads/dealii/build/CMakeFiles/CMakeTmp'
Building CXX object CMakeFiles/cmTC_fb02d.dir/src.cxx.o
~/local_opt/openmpi/bin/mpic++    -DDEAL_II_HAVE_USABLE_FLAGS_DEBUG -pedantic -fPIC -Wall -Wextra -Wpointer-arith -Wwrite-strings -Wsynth -Wsign-compare -Wswitch -Woverloaded-virtual -Wno-placement-new -Wno-deprecated-declarations -Wno-literal-suffix -fopenmp-simd -std=c++14 -fPIC -march=native -fopenmp -Wno-parentheses -Wno-unused-local-typedefs -Og -ggdb -Wa,--compress-debug-sections   -o CMakeFiles/cmTC_fb02d.dir/src.cxx.o -c ~/Downloads/dealii/build/CMakeFiles/CMakeTmp/src.cxx
Linking CXX executable cmTC_fb02d
~/local_opt/cmake/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/cmTC_fb02d.dir/link.txt --verbose=1
~/local_opt/openmpi/bin/mpic++   -DDEAL_II_HAVE_USABLE_FLAGS_DEBUG -pedantic -fPIC -Wall -Wextra -Wpointer-arith -Wwrite-strings -Wsynth -Wsign-compare -Wswitch -Woverloaded-virtual -Wno-placement-new -Wno-deprecated-declarations -Wno-literal-suffix -fopenmp-simd -std=c++14 -fPIC -march=native -fopenmp -Wno-parentheses -Wno-unused-local-typedefs -Og -ggdb -Wa,--compress-debug-sections    -rdynamic CMakeFiles/cmTC_fb02d.dir/src.cxx.o  -o cmTC_fb02d  -L~/local_opt/intel/tbb/lib/intel64/gcc4.7  -L~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64 -Wl,-rpath,~/local_opt/trilinos/lib:~/local_opt/boost/lib:~/local_opt/intel/tbb/lib/intel64/gcc4.7:~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64:~/local_opt/suitesparse/lib:~/local_opt/petsc/lib:~/local_opt/p4est/lib -rdynamic -fuse-ld=gold -Wl,-rpath -Wl,~/local_opt/openmpi/lib -Wl,--enable-new-dtags -ggdb /usr/lib64/libbz2.so /usr/lib64/libz.so ~/local_opt/trilinos/lib/libpike-blackbox.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtrilinoscouplings.so ~/local_opt/trilinos/lib/libpiro.so ~/local_opt/trilinos/lib/librol.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstokhos_muelu.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstokhos_ifpack2.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstokhos_amesos2.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstokhos_tpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstokhos_sacado.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstokhos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtempus.so ~/local_opt/trilinos/lib/librythmos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libmuelu-adapters.so ~/local_opt/trilinos/lib/libmuelu-interface.so ~/local_opt/trilinos/lib/libmuelu.so ~/local_opt/trilinos/lib/libmoertel.so ~/local_opt/trilinos/lib/liblocathyra.so ~/local_opt/trilinos/lib/liblocaepetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/liblocalapack.so ~/local_opt/trilinos/lib/libloca.so ~/local_opt/trilinos/lib/libnoxepetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libnoxlapack.so ~/local_opt/trilinos/lib/libnox.so ~/local_opt/trilinos/lib/libphalanx.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_expreval.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_mesh_fixtures.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_tools_lib.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_transfer_impl.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_search_util_base.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_search.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_unit_main.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_unit_test_utils.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_io_util.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_io.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_mesh_base.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_topology.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_util_use_cases.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_util_registry.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_util_diag.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_util_env.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_util_parallel.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstk_util_util.so ~/local_opt/trilinos/lib/libintrepid2.so ~/local_opt/trilinos/lib/libintrepid.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteko.so ~/local_opt/trilinos/lib/libfei_trilinos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libfei_base.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstratimikos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstratimikosbelos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstratimikosaztecoo.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstratimikosamesos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstratimikosml.so ~/local_opt/trilinos/lib/libstratimikosifpack.so ~/local_opt/trilinos/lib/libifpack2-adapters.so ~/local_opt/trilinos/lib/libifpack2.so ~/local_opt/trilinos/lib/libanasazitpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libModeLaplace.so ~/local_opt/trilinos/lib/libanasaziepetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libanasazi.so ~/local_opt/trilinos/lib/libkomplex.so ~/local_opt/trilinos/lib/libplt.a ~/local_opt/trilinos/lib/libsvdi_cgi.a ~/local_opt/trilinos/lib/libsvdi_cdr.a ~/local_opt/trilinos/lib/libsuplib_cpp.so ~/local_opt/trilinos/lib/libsuplib_c.so ~/local_opt/trilinos/lib/libsuplib.so ~/local_opt/trilinos/lib/libsupes.so ~/local_opt/trilinos/lib/libaprepro_lib.so ~/local_opt/trilinos/lib/libchaco.so ~/local_opt/trilinos/lib/libio_info_lib.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIonit.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIotr.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIohb.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIogn.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIovs.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIopg.so ~/local_opt/trilinos/lib/libIoss.so ~/local_opt/trilinos/lib/libamesos2.so ~/local_opt/trilinos/lib/libshylu.so ~/local_opt/trilinos/lib/libbelostpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libbelosepetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libbelos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libml.so ~/local_opt/trilinos/lib/libifpack.so ~/local_opt/trilinos/lib/libzoltan2.so ~/local_opt/trilinos/lib/libpamgen_extras.so ~/local_opt/trilinos/lib/libpamgen.so ~/local_opt/trilinos/lib/libamesos.so ~/local_opt/trilinos/lib/libgaleri-xpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libgaleri-epetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libaztecoo.so ~/local_opt/trilinos/lib/libdpliris.so ~/local_opt/trilinos/lib/libisorropia.so ~/local_opt/trilinos/lib/liboptipack.so ~/local_opt/trilinos/lib/libxpetra-sup.so ~/local_opt/trilinos/lib/libxpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libthyratpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libthyraepetraext.so ~/local_opt/trilinos/lib/libthyraepetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libthyracore.so ~/local_opt/trilinos/lib/libdomi.so ~/local_opt/trilinos/lib/libepetraext.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtrilinosss.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpetraext.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpetrainout.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libkokkostsqr.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpetraclassiclinalg.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpetraclassicnodeapi.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpetraclassic.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtriutils.so ~/local_opt/trilinos/lib/libglobipack.so ~/local_opt/trilinos/lib/libshards.so ~/local_opt/trilinos/lib/libzoltan.so ~/local_opt/trilinos/lib/libepetra.so ~/local_opt/trilinos/lib/libminitensor.so ~/local_opt/trilinos/lib/libsacado.so ~/local_opt/trilinos/lib/librtop.so ~/local_opt/trilinos/lib/libkokkoskernels.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchosparser.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchoskokkoscomm.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchoskokkoscompat.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchosremainder.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchosnumerics.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchoscomm.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchosparameterlist.so ~/local_opt/trilinos/lib/libteuchoscore.so ~/local_opt/trilinos/lib/libkokkosalgorithms.so ~/local_opt/trilinos/lib/libkokkoscontainers.so ~/local_opt/trilinos/lib/libkokkoscore.so ~/local_opt/trilinos/lib/libtpi.so ~/local_opt/trilinos/lib/libgtest.so ~/local_opt/boost/lib/libboost_program_options.so ~/local_opt/boost/lib/libboost_system.so ~/local_opt/superlu/lib64/libsuperlu.a -ltbb ~/local_opt/scotch/lib/libptscotch.a ~/local_opt/scotch/lib/libptscotcherr.a ~/local_opt/scotch/lib/libscotch.a ~/local_opt/scotch/lib/libscotcherr.a -lmkl_rt ~/local_opt/suitesparse/lib/libumfpack.so ~/local_opt/suitesparse/lib/libcholmod.so ~/local_opt/suitesparse/lib/libccolamd.so ~/local_opt/suitesparse/lib/libcolamd.so ~/local_opt/suitesparse/lib/libcamd.so ~/local_opt/suitesparse/lib/libsuitesparseconfig.so ~/local_opt/suitesparse/lib/libamd.so ~/local_opt/petsc/lib/libpetsc.so ~/local_opt/petsc/lib/libsuperlu_dist.so ~/local_opt/parmetis/lib/libparmetis.a ~/local_opt/metis/lib/libmetis.a /usr/lib64/liblapack.so /usr/lib64/libblas.so /usr/lib64/libhwloc.so /usr/lib64/libX11.so /usr/lib64/libssl.so /usr/lib64/libcrypto.so ~/local_opt/openmpi/lib/libmpi_usempif08.so ~/local_opt/openmpi/lib/libmpi_usempi_ignore_tkr.so ~/local_opt/openmpi/lib/libmpi_mpifh.so -ldl -lrt ~/local_opt/p4est/lib/libp4est.so ~/local_opt/p4est/lib/libsc.so /usr/lib64/libopenblas.so -lmpi_usempif08 -lmpi_usempi_ignore_tkr -lmpi_mpifh -lmpi -lgfortran -lquadmath -lm -lpthread -lc -lgcc_s -lgcc ~/local_opt/openmpi/lib/libmpi.so
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'printf'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'strchr'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'free'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'vsnprintf'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'strncmp'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'strrchr'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'malloc'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'readlink'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'vfprintf'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'realloc'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'getenv'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'calloc'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'getcwd'
~/local_opt/trilinos/lib/libmuelu-adapters.so: error: undefined reference to 'dmumps_c'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'stderr'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'exit'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'fflush'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'stdout'
collect2: Fehler: ld gab 1 als Ende-Status zurück
gmake[1]: *** [cmTC_fb02d] Fehler 1
gmake[1]: Leaving directory `~/Downloads/dealii/build/CMakeFiles/CMakeTmp'
gmake: *** [cmTC_fb02d/fast] Fehler 2

Source file was:
int main(){ return 0; }

Without trilinos it works fine, but with it I get a linking failure. Is that a problem with Trilinos, or with dealII? If the latter, how could I fix that? I used the same settings as on the local machine, thus I did not expect that error.
Thanks!

[Bruno Turcksin]

Hi,

You have several problems.

On Wednesday, September 13, 2017 at 4:58:10 AM UTC-4, Maxi Miller wrote:

~/local_opt/trilinos/lib/libmuelu-adapters.so: error: undefined reference to 'dmumps_c'

You have compile deal or trilinos with MUMPS support but the linker does not find it

/petsc/lib/libsuperlu_dist.so ~/local_opt/parmetis/lib/libparmetis.a ~/local_opt/metis/lib/libmetis.a /usr/lib64/liblapack.so /usr/lib64/libblas.so /usr/lib64/libhwloc.so /usr/lib64/libX11.so /usr/lib64/libssl.so /usr/lib64/libcrypto.so ~/local_opt/openmpi/lib/libmpi_usempif08.so ~/local_opt/openmpi/lib/libmpi_usempi_ignore_tkr.so ~/local_opt/openmpi/lib/libmpi_mpifh.so -ldl -lrt ~/local_opt/p4est/lib/libp4est.so ~/local_opt/p4est/lib/libsc.so /usr/lib64/libopenblas.so -lmpi_usempif08 -lmpi_usempi_ignore_tkr -lmpi_mpifh -lmpi -lgfortran -lquadmath -lm -lpthread -lc -lgcc_s -lgcc ~/local_opt/openmpi/lib/libmpi.so
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'printf'
~/local_opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so: error: undefined reference to 'strchr'

The error is from MKL which implements Lapack BUT in you are also using openblas which implements Lapack and Lapack. So you are mixing three different implementation of Lapack (MKL, Openblas, and lapack). That's a recipe for disaster make sure all the libraries that you are compiling are using the same implementation of Lapack.

Best,

Bruno

[Denis Davydov]

You might want to try one of the source-based installers for deal.II, see Source-based Installers https://www.dealii.org/download.html

Regards,

Denis.