Es ist eine elementare Tatsache, dass Kovarianz- und Korrelationsmatrizen positiv semi-definit
sind. D.h. die Eigenwerte sind immer reell und nicht negativ.
Wenn man numerische Berechnungen ausführt muss man sich immer bewusst sein,
dass die Genauigkeit durch arithmetische Operationen drastisch abnehmen kann.
In Ihrem Fall haben Sie Glück, denn die Summe der Eigenwerte der Korrelationsmatrix ist gleich
der Dimension und die kleinen Eigenwerte haben keinerlei Bedeutung. Der
ganze Sinn der Faktoranalyse ist es, die durch die kleinen Eigenwerte
dargestellten Beziehungen zu eliminieren, bzw die durch die großen
Eigenwerte dargestellten zu isolieren.
Bzgl. MathLab - da haben Sie etwas falsch verstanden; vermutlich verlangen Sie
eine singuläre Koordinatentransformation.