Eventuell kann man es im "dconf-editor" direkt einstellen. Dort unter der
Abteilung org -> gnome nach clock oder panel schauen.
Wahrscheinlicher ist, daß es evtl. ein echter "Fehler" ist, der eben je
nach Rundungsergebnis (Position bei z.B. 65% der X Breite; 1280*0.65) den
Text immer bißchen anders platziert. Das kann man als User dann nur als
Problem melden und die Bildschirmauflösung ändern oder einen anderen Font
für das Panel benutzen.
Wie genau das in mate geht, weiß ich nicht, aber in dem aktuellen
"normalen" Gnome, geht das über das Thema des Desktops. Diese kann man in
den erweiterten Desktopeinstellungen anwählen ( "gnome-tweak-tool" ). Die
Dateien dafür liegen üblicherweise unter ~/.themes/ThemaName oder in /usr/
share/themes/ThemaName und dort dann unter gnome-shell.css
Darin sollte sich ganz am Anfang ein Eintrag für den Font finden, den man
abändern kann. Danach evtl. noch ein Desktopneustart. Am Besten mit "alt
+F2" und dann ein "r" (wie restart) und Return.
Einfacher ist es evtl. ein schönes Thema nachzuinstallieren, wo das nicht
passiert. Themen gibt es z.B. bei
pling.org oder
gnome-look.org
VG,
Sebastian