I see how it is interesting to have the Sims being the directory with the trajectory. But I do not really like mixing simulations and analyses for various reasons. For instance, I often wipe out my analyses when I change my analysis scripts, in order to be sure all my simulations are analysed the same way; when I do this, I do not want to take the risk of deleting precious trajectory files.
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├── analysis
│ ├── BOL_102_295K_r1
│ │ ├── begin.txt
│ │ ├── box.xvg
│ │ ├── cholesterol_contact_fraction.xvg
│ │ ├── config.json
│ │ ├── figures
│ │ │ ├── box.pdf
│ │ │ └── [...]
│ │ └── [...]
│ ├── BOL_1198_295K_r1
│ │ ├── begin.txt
│ │ ├── box.xvg
│ │ ├── cholesterol_contact_fraction.xvg
│ │ ├── config.json
│ │ ├── figures
│ │ │ ├── box.pdf
│ │ │ └── [...]
│ │ └── [...]
│ ├── conc_ramp
│ │ ├── DCO_100_295K_r1
│ │ │ ├── begin.txt
│ │ │ ├── box.xvg
| │ │ ├── cholesterol_contact_fraction.xvg
| │ │ ├── config.json
| │ │ ├── figures
| │ │ │ ├── box.pdf
| │ │ │ └── [...]
| │ │ └── [...]
│ │ ├── DCO_300_295K_r1
│ │ │ ├── begin.txt
│ │ │ ├── box.xvg
| │ │ ├── cholesterol_contact_fraction.xvg
| │ │ ├── config.json
| │ │ ├── figures
| │ │ │ ├── box.pdf
| │ │ │ └── [...]
| │ │ └── [...]
| | └── [...]
│ ├── contact_extra.agr
│ ├── density_combine.agr
| └── [...]
├── simulations
│ ├── BOL_102_295K_r1
│ │ ├── md.gro
│ │ ├── md.tpr
│ │ ├── md.xtc
│ │ ├── param_md.mdp
│ │ ├── topol.top
│ │ └── [...]
│ ├── BOL_1198_295K_r1
│ │ ├── md.gro
│ │ ├── md.tpr
│ │ ├── md.xtc
│ │ ├── param_md.mdp
│ │ ├── topol.top
│ │ └── [...]
│ ├── conc_ramp
│ │ ├── DCO_100_295K_r1
| │ │ ├── md.gro
| │ │ ├── md.tpr
| │ │ ├── md.xtc
| │ │ ├── param_md.mdp
| │ │ ├── topol.top
| │ │ └── [...]
│ │ ├── DCO_300_295K_r1
| │ │ ├── md.gro
| │ │ ├── md.tpr
| │ │ ├── md.xtc
| │ │ ├── param_md.mdp
| │ │ ├── topol.top
| │ │ └── [...]
| | └── [...]
| └── [...]
├── ipython
│ ├── Create tables.ipynb
│ ├── Density profiles.ipynb
│ ├── summary.csv
│ ├── Untitled1.ipynb
│ └── [...]
├── scripts
│ ├── build.sh
│ ├── concat.sh
│ ├── populate_system_config.py
│ ├── Snakefile
│ └── [...]
└── [...]
The "simulations" and "analysis" directories follow the same architecture. "simulation" contains every files needed to reproduce the trajectories, "analysis" contains all the analysis output for the simulations. The analysis are run using Snakemake and scripts in the "scripts" directory. They are combined in jupyter notebooks in the "notebook" directory.
Ideally, I would like to replace the "analysis" directory by a detreant tree. This would allow me to store the analyses as data fields or leafs in Sims, and to filter all of this in my notebooks. I expect that it would be a most efficient way to deal with metadata than the "config.json" file that I currently use.
Hopefully, the way I want to use MDSynthesis makes sense.
Best,
Jonathan