はじめまして（重複しない表記の仕方）

[k.o]

はじめまして。私は大腸菌の解糖系パスウェイについて研究している大学院生です。
　代替パスウェイをパソコン上で表現するためにこのソフトを使おうとしています。
そこで、いくつか気になる点があるので質問させてください。
まず、reactomeで大腸菌の解糖系パスウェイを"cytoscape"というリンクから入手しました。
実際に読み込ませてみたところ以下の問題点がでました。

①同じ代謝物が重複していた。
②同じ代謝物が○やひしがたなどに囲まれていた。

　これを重複しないすっきりとしたパスウェイで表現するにはどうすればよいでしょうか。
また、reactomeの”cytoscape”というリンクからえた情報から
読み込んでみると、最新版をインストールしたにも関わらず２．２verになります。

　自分で何とか解決しようとしたのですが、どうしてもわかりませんでした。
お時間にゆとりがございましたら、ご対応の方よろしくお願いします。