自己紹介と質問
patho
ウエット実験メインの大学院生です。
現在、Cytoscape2.5.2でBiNGOを、
Cytoscape2.6.0でAgilent literature search、IntActなどのプラグインを利用しています。
そこでいくつか困っていることがあります。解決方法等ありましたらご教授のほど、よろしくお願いします。
CytoPanelでAttributeを編集する際、
① 複数選択してコピー&ペーストが出来ない。
② ID順などにソートしてから、編集しようとすると元に戻って（ソートが解けて）しまう。
VizMapperについて、
③ Vizmap property fileを保存しても、再度Cytoscapeで開いてみると各Attributeが保存されていない。
これらは、Cytoscape2.5.2、BiNGO2.1を使用している時の問題点です。
③の、Vizmap fileですが、BiNGOを使って出てくるNode sizeや、Node colourなどのattribute（数値）
を、
直接ノードを右クリックして、Visual Mapping Bypassにコピー&ペーストすると、ものすごく小さくなったり、
色が反映されなかったりします。ここに問題が隠されている気がするのですが、解決方法が分かりません。
情報不足などありましたらご指摘下さい。よろしくお願い致します。
Keiichiro Ono
> 現在、Cytoscape2.5.2でBiNGOを、
> Cytoscape2.6.0でAgilent literature search、IntActなどのプラグインを利用しています。
BinGOは、2.6.1にも対応しましたので、是非アップグレードして使ってください。
> CytoPanelでAttributeを編集する際、
> ① 複数選択してコピー&ペーストが出来ない。
これは3.0での修正になると思います。もともとビューアーとして作られたものの上に無理矢理エディット機能も付けたので、3.0では、基本的に関数計算などもサポートしたスプレッドシートをのせる予定です。
> ② ID順などにソートしてから、編集しようとすると元に戻って（ソートが解けて）しまう。
2.6.1では直っているはずですので、確認してみてください。
> VizMapperについて、
> ③ Vizmap property fileを保存しても、再度Cytoscapeで開いてみると各Attributeが保存されていない。
コマンドラインでセッションファイルを指定せずにCytoscapeを起動した場合、必ずデフォルトのvizmap.propsファイルが読み込まれます。これを自分の好きなものに変更する場合は、Visual
Styleのエディットが終わった後に、Edit-->Preferences-->Propertiesでプロパティ編集画面を開いて、そこのDefault
Visual Styles内のチェックボックスをチェックしてください。それで、今現在の設定がデフォルトとなり、最初に起動したときには常にそれが利用されます。もちろん、セッションをロードしたときにはセッション内のものが優先されますけど。
Visual Property
Fileの保存は、他の人と共有したりする場合に、あくまでファイルに書き出すためのもので、最初に読み込まれるのはデフォルトで設定したものです。わかりにくいので、FAQに追加しておきます。
> ③の、Vizmap fileですが、BiNGOを使って出てくるNode sizeや、Node colourなどのattribute（数値）
> を、
> 直接ノードを右クリックして、Visual Mapping Bypassにコピー&ペーストすると、ものすごく小さくなったり、
> 色が反映されなかったりします。ここに問題が隠されている気がするのですが、解決方法が分かりません。
若干ややこしいのですが、CytoscapeでAttributeと言う場合には、ノードやエッジに付随する数値や文字列などのデータで、Visual
Styleで指定する各値（ノードの大きさなど）とは区別されます。したがって、あるノードの大きさを、Attributeに基づいて決定したりする場合には、Attribute-Node
Sizeのマッピングを作成し、数値を入力したりします。例えば、2.6.1のサンプルセッションファイルでは、ノードの次数をノードの大きさにマッピングしてありますが、これは、「次数が１０だったら、ノードの大きさは２００」とか言うようなものの集合です。右クリックで大きさを変えるのは、このマッピングをバイパスするときの一時的な変更のためのものです。
とりあえず、それなりにいろいろバグが直っていますので、ぜひ2.6.1へアップグレードして、上記のことを試してみてください
大野
Keiichiro Ono ko...@ucsd.edu
Cytoscape Core Developer Team: http://www.cytoscape.org/
UCSD Bioengineering Ideker Lab: http://chianti.ucsd.edu/idekerlab/
patho
ご回答ありがとうございます。
2.61へのアップグレード試してみます。
>>attribute-node sizeのマッピングを作成
とありますが、これはCytoscape（2.52）上で簡単に出来るのでしょうか？
また、別の質問なのですが
（以前Cytoscape info.で質問したのですが、頓挫していました。すいません）、
KEGGパスウェイをCytoscapeにインポートする場合、
KEGGのFTPサーバーにある.owlファイルをダウンロードし、
そのままインポートしてもネットワークが表示されない（node=0）
のはどうしてでしょうか？何か操作を行ってからでないと
表示されないのでしょうか？
（「インポートの成功」という表示はされるのですが、
ノードもエッジも0になっています。試したのは
mmuの04310(Wnt), 04330(Notch), 04340(Hh)パスウェイです）
可能でしたら、操作方法など教えて頂けないでしょうか。
宜しくお願い致します。
藤田
Keiichiro Ono
>>>attribute-node sizeのマッピングを作成
> とありますが、これはCytoscape（2.52）上で簡単に出来るのでしょうか？
基本機能ですので2.5.xでも可能ですが、細かいバグのなおっている2.6.1をお薦めします。
> KEGGパスウェイをCytoscapeにインポートする場合、
> KEGGのFTPサーバーにある.owlファイルをダウンロードし、
> そのままインポートしてもネットワークが表示されない（node=0）
> のはどうしてでしょうか？何か操作を行ってからでないと
> 表示されないのでしょうか？
> （「インポートの成功」という表示はされるのですが、
> ノードもエッジも0になっています。試したのは
> mmuの04310(Wnt), 04330(Notch), 04340(Hh)パスウェイです）
KEGGでは、まだ部分的にしかデータがBioPAX化されていません。これはKGMLで表現された情報の一部がBioPAXフォーマットにうまく対応できないためで、BioPAXフォーマットの策定グループがいまその問題に取り組んでいます。
ftp://ftp.genome.jp/pub/db/community/biopax/mmu/
この種の場合だと、下の方の75kb程度しかファイルサイズの無いデータがそれにあたります。それらのファイルは、中身が入っていませんので、残念ながら読み込むことができますが、中身は空っぽです。
もうひとつの方法として、GPMLプラグインを使う方法が有ります。これも完全ではないのですが、かなりの数のパスウェイがインポートできるようになっています。2.6.1上で、GPMLプラグインをインストールし、File-->Import-->Network
from Web Services...を選択し、WikiPathwaysをデータソースに指定すればキーワード検索可能です。添付した例は、マウスのデータセットに対してwntで検索したものです。
大野
>
> 可能でしたら、操作方法など教えて頂けないでしょうか。
>
> 宜しくお願い致します。
>
> 藤田
>
> >
>
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patho
ご回答ありがとうございます。
2.61へのアップグレードと、GPMLプラグインでのパスウェイ（KEGG等）の
インポート試してみました。
KEGGのパスウェイに関しては、確かに色々な問題がありました。
① 遺伝子名が統一されてない（いいかげん）
② 実際のKEGGパスウェイ（KEGGウェブブラウザで確認）にはあるのに、
Cytoscapeで表示したら消えている遺伝子がある
③ エッジの情報がうまく表示されていない
（④ 一番欲しいパスウェイが無い（Wnt_KEGG等））
また、GenMAPP（？）、Reactomeのパスウェイに関しても、
Cytoscape上であれこれイジるのが不便に感じました。
（ノードしか動かせない）
続けて質問です。
エッジ情報はそのままでは使えないのでしょうか？
（エッジ情報はどこにあるのでしょうか？）
やりたいことは、いくつかのパスウェイ（例えばWntとHh、MAPK）を
mergeさせて大きいパスウェイを作り、ここのかたまり（クラスター）は
Wnt、ここはHhパスウェイ、みたいにして表示させたいのですが、
エッジ情報が消えてしまい、どうにもなりません。
質問ばかりで大変申し訳ありません。
お時間ありましたら、ご回答の程よろしくお願い致します。
藤田
kozo-ni
奈良先端大、比較ゲノム学講座の西田と申します。
お役に立てるかどうかわかりませんが、いくつか質問させて頂いてよいでしょうか?
> 2.61へのアップグレードと、GPMLプラグインでのパスウェイ（KEGG等）の
> インポート試してみました。
WikiPathwaysでご希望のpathwayを見つけてこられて、それをインポートしたということでしょうか?
> KEGGのパスウェイに関しては、確かに色々な問題がありました。
> ① 遺伝子名が統一されてない（いいかげん）
> ② 実際のKEGGパスウェイ（KEGGウェブブラウザで確認）にはあるのに、
> Cytoscapeで表示したら消えている遺伝子がある
> ③ エッジの情報がうまく表示されていない
> （④ 一番欲しいパスウェイが無い（Wnt_KEGG等））
1. WikiPathwaysでgpmlを作成した方がいいかげんであり
2. Cytoscapeで表示したら消えているというより、そもそもGPMLの方に書かれていない
3. 2と同じ
という可能性があるように思うのですが。
> また、GenMAPP（？）、Reactomeのパスウェイに関しても、
> Cytoscape上であれこれイジるのが不便に感じました。
> （ノードしか動かせない）
をPathVisioでご自分で記述し、それをCytoscapeに読み込み発現解析をし、
さらに有意な変化が確認できれば再びPathVisioで清書されるのが最も良いのではないか
と思います。PathVisioはあれこれイジれると思うのですが。
> 続けて質問です。
>
> エッジ情報はそのままでは使えないのでしょうか？
> （エッジ情報はどこにあるのでしょうか？）
>
> やりたいことは、いくつかのパスウェイ（例えばWntとHh、MAPK）を
> mergeさせて大きいパスウェイを作り、ここのかたまり（クラスター）は
> Wnt、ここはHhパスウェイ、みたいにして表示させたいのですが、
> エッジ情報が消えてしまい、どうにもなりません。
それとも
元のGPMLの方に存在していないのかどうか
気になります。
元のGPMLがしっかりできていれば
Cytoscapeに読み込んでからの
mergeやクラスター表示も可能かと思うのですが。
差し障りなければインポートされたというGPMLがどのようなものかお教えいただけますでしょうか?
首を突っ込んで申し訳ありません。
もしよろしければ、以上お教えください。
patho
奈良先端大 西田先生
ご返答ありがとうございます！
・GPMLプラグインでKEGGパスウェイをインポート
ですが、Wiki pathwaysからインポートしました。
操作的には大野先生から教えて頂いた通り（上記）にやってみました。
> インポートされたというGPMLがどのようなものかお教えいただけますでしょうか?
に対して正しい回答になっていますでしょうか？
KEGG pathway自体に問題があるわけではなく、wiki pathwaysで
読み込んだGPMLに問題があるということだと思います。
誤った表現をしてしまいました。申し訳ありませんでした。
KEGG pathwayのインポートに関して、PathVisioという
プラグインは使ったことありませんので、試してみます。
> 1. WikiPathwaysでgpmlを作成した方がいいかげんであり
> 2. Cytoscapeで表示したら消えているというより、そもそもGPMLの方に書かれていない
> 3. 2と同じ
> をPathVisioでご自分で記述し、それをCytoscapeに読み込み発現解析をし、
> さらに有意な変化が確認できれば再びPathVisioで清書されるのが最も良いのではないか
> と思います。PathVisioはあれこれイジれると思うのですが。
エッジの位置関係）を“自動的”にCytoscapeに読み込んで、あれこれイジる
のは不可能ということでしょうか。
たくさんの貴重な情報、ありがとうございました。
まずはPathVisioを使ってみます。
藤田