Cytoscape 2.6.0と、Google Summer of Code 2008の募集

[Keiichiro Ono]

すっかりご無沙汰しております、管理人の大野です。

現在、Google Summer of Code 2008の応募を受けつけております。学生の方で、夏の間何かプロジェクトに参加してみたい方は、是非御応募下さい。

http://cytoscape.seesaa.net/article/90099150.html

なお、現在、Cytoscape 2.6.0の最終ベータテスト中です。こちらからダウンロード出来ます：

http://chianti.ucsd.edu/Cyto-2_6-beta/

何か不具合などあればご連絡下さい。
今回のバージョンでは、様々なアノテーションやネットワーク、Pathwayと言ったものをより手軽にロードできるように、各種Webサービスクライアントを実装しました。以下のようなことをGUIから簡単に操作できますのでお試し下さい：

遺伝子名に基づいてIntActから既知のPPIをインポート
キーワード検索でEntrez Geneに登録されているネットワークをインポート
現在のネットワーク上に存在するタンパク質のオーソログをBioMartからロード
そのオーソログのリストをIntActに送信して、別の生物種のネットワークを構築
Entrez Gene IDを持ったネットワークをReactome, KEGGのPathwayヘマッピング

よろしくお願いします。

大野

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Keiichiro Ono ko...@ucsd.edu

Cytoscape Core Developer Team: http://www.cytoscape.org/
UCSD Bioengineering Ideker Lab: http://chianti.ucsd.edu/idekerlab/