Import Ontology and annotationについて

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patho

unread,
Jul 8, 2009, 4:02:42 AM7/8/09
to cytoscape-discuss-j
Agilent literature searchで構築したネットワークのノードattributeに、
GeneOntology(特にBiological process)をインポートしたいのですが、
うまく出来ません。
Import Ontology and annotation、Import Attribute from Biomart /
NCBI Entrez Gene Web serviceのいずれからもうまくインポートすることが
できませんでした。

Agilent literature searchでは、ノードattributeのIDがgene symbolになっており、
これをなんらかの(例えばEntrez Gene)IDに変換すれば良いようなことがユーザー
マニュアルや、本家のCytoscape-discussなどに書いてあるのですが、操作方法が
よく分かりません。

ちなみに、Bubble routerをインストールしたのでCellular componentは
Data panelのnode attribute browserから見ることができます。

操作方法に関して、ご教授いただきたいのですが、宜しくお願い致します。


環境はCytoscape 2.6.2、Agilent literature search 2.70です。
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