Mira ahi lo que pasa es que estas usando dos discos fisicos diferentes hasta donde te entendi.
Disco fisico 1---> windows
Disco Fisico 2--->ubuntu
Entonces lo que pasa ahi, que hay un disco primario y un disco secundario, y por ende siempre el disco primario es el que arranca primero, y como hay un sistema operativo, con ese arranca. por eso la onda que te pasa que tenes que desconectar uno de los discos.
ahi lo que tenes que hacer es ingresar a la BIOS del pc y configurar con que Disco Fisico queres iniciar siempre, por ejemplo si queres que arranque con windows le dejas ese como primario y cuando querras usar ubuntu deberas ingresar nuevamente al BIOS y configurar para que ingrese con el otro disco, sin necesidad de estar desconectado los discos, en si eso es lo que te pasa.
lo que vos decis que te deberia de aparecer en la pantalla de elegir con que Sistema Operativo queres arrancar es cuando se instala el ubuntu en el mismo disco del Windows haciendo una particion; ahi si te aparece la opcion de elegir con que SO queres trabajar.
Bueno espero haber aclarado tu duda, y si en algo estoy mal, quizas alguien me pueda corregir.
Buen dia.
Esduardo Avelar.

> Date: Tue, 1 Jun 2010 09:00:28 -0700
> Subject: [Cuchulug] Ayuda
> From:
julioen...@gmail.com> To:
cuch...@googlegroups.com