Hola Luis,
Elige la opción de .msi, en vez de la de .exe
De esa forma va todo en un solo archivo.
Tendrás que buscar en google una línea que hay que agregar en el archivo de configuración para lo del Crystal Reports. No recuerdo bien pero creo que es el archivo pwf o algo por ahi..
Es una línea de configuración que se agrega en ese archivo para que corra bien el CR. Si no te lo pide quizás ni sea necesario hacer eso..