求助！cpmd问题！！

[蚂蚁]

最近要做一个分子的在恒压恒温下能够存在多长时间的问题。
听同学说cpmd能够做这样的模拟。

我下了cpmd的3.13版本。
我想求助一下解决我这个问题的步骤。
我现在什么都不懂。还比较急，我希望那位大虾能够帮助。
越详细越好。。
最好能够告诉我写些命令行啥的。
谢谢。。
我的邮箱muste...@yahoo.com.cn
真诚感谢你的帮助

[Xijun Wang]

非常好的问题！很多新手都特别想了解一个使用CPMD解决问题大致的过程，做到心中有数，然后再按照手册去逐一解决各步骤的细节问题。因此，非常需要一个提纲式的介绍。下面我尝试写一个这样的提纲，但是不会太详细，细节请自行查看手册：

 

1. 首先要确定你的问题是否能通过CPMD解决。

 

这个主要考虑理论适用性问题，体系大小问题。解决这一步问题的最佳途径是查阅文献。如果这个问题别人用CPMD研究过，那当然就OK了。如果查不到这样的文献，就问问别人是否见过用CPMD讨论这个问题的paper。官网cpmd.org上有使用cpmd发表的paper list，可做参考，但据我所知，那个paper list很不全。另外还要考虑你的问题是否有更好的解决途径，有些问题使用Gaussian更好，而且Gaussian更简单易用。

2. 如果确定你的问题要用到CPMD，请做好两万五千里长征的决心和预留至少3个月左右的学习CPMD理论，解决安装问题，熟悉操作设置的时间（我笨，用了半年）。如果你没有这样时间，最好的办法是和导师商量，与已经熟悉CPMD的课题组合作，这是一条捷径。

 

3. 万里长征第一步是安装CPMD。

 

你首先要确定安装并行版本还是串行版本，这取决你的体系大小和机器配置。对于不熟悉linux服务器的人，最好的办法是请服务器管理员协助。如果你是孤家寡人，并且有足够的耐心，请查阅社区有关的文章和帖子，当然并不能保证解决你的问题，更多的问题要到官方网站Maillist上搜索。

 

提醒，不同的硬件和不同的Linux版笨环境下，安装可能出现不同的问题，Linux下没有统一的解决途径。

注意，cpmd使用fortran和c编写，最好有intel fortran compiler,这个可以从intel网站下载。

安装完成以后，还要找个简单的例子测试一下。有些提示成功了，计算会报错。你会以为是输入文件的问题，其实是按装的问题。

 

 

4. 安装完成以后，是提交作业给cpmd进行计算。

 

需要若干个文件，输入文件（运算参数设定），赝势文件，和提交作业的脚本。其中输入文件需要原子的笛卡尔坐标，这个可以从Material Studio或者其他软件把你的体系存成pdb文件，然后复制出来，并按照要求，放在每个元素类型下面。具体请参阅manu输入文件部分。注意，赝势对结果影响很大，严格一点的要拿小体系进行验证，与实验结果对比。

 

 

输入文件中有很多参数需要设置：选取赝势和计算理论（LDA? BLYP? PBE？）选取Cutoff, e-mass等等。这个仔细阅读手册吧，这一步最关键了。而且需要学习一些赝势啊，平面波函数啊理论。一个捷径是查文献，看别人相同的体系用什么参数，这都是别人验证过的，可以省下一些时间，写paper时引用一下即可，但要叙述别人验证这些参数的过程和结果。

 

运算中出现了问题先确定自己的方法是否有错，然后查查手册和官方mailist，如果确定找不到就发邮件给官方mailist。注意发邮件给官方mailist一定要用plain text格式，不要html，因为这个那边的牛人Alex已经发过几次火了，基本还都是中国人犯这个错。也不要问手册上能查到的问题和别人已经问过的问题，这也是令别人烦恼的。

 

5. 运算完成后，是分析结果。

 

主要是看out文件，从中提取数据，复制到Excel里分析。看轨迹图形一般要用到vmd。这个软件也要学习使用，不过这个是在windows下的，官网也有很好的教材。So, do not worry.

 

欢迎提问和补充，谢谢！

 

-XJ

2009/4/23 蚂蚁 <muste...@yahoo.com.cn>