Metadynamics variables,

[Lucas Lodeiro]

Hi all!

I want to run a MTD for a water system, and i want to select the values of some variables as i want: Gaussian height  0.0005 Ha (0.3 kcal/mol approximately), width 0.1 bohr and deposition time step of 40 fs.

The colvar definition between the atoms uses a Rc=1.5 Angstrom. The timestep MTD is 0.5 fs.

I prepared an input file:

&FREE_ENERGY

                METHOD  METADYN

                &METADYN

                        DO_HILLS

                        NT_HILLS        80

                        WW [kcalmol]    0.3

                        &METAVAR

                                COLVAR  1

                                SCALE   0.1

                        &END METAVAR

                        &PRINT

                                &COLVAR

                                        COMMON_ITERATION_LEVELS 3

                                        &EACH

                                                MD 1

                                        &END

                                &END

                                &HILLS

                                        COMMON_ITERATION_LEVELS 3

                                        &EACH

                                                MD 1

                                        &END

                                &END

                        &END

                &END METADYN

&END FREE_ENERGY

&SUBSYS

        &COLVAR

                &COORDINATION

                        ATOMS_FROM      1

                        ATOMS_TO           2

                        R0 [angstrom]   1.5

                        ND              12

                        NN              6

                &END COORDINATION

        &END COLVAR

&END SUBSYS

The WW is the heicht of the gaussian in kcal/mol, and NT_HILL 80 is the number of steps to enter Gaussians, 80*0.5 fs = 40 fs, all ok. But my doubt is, SCALE is the width of the gaussian, in the manual the default unity say, [internal_cp2k], and i dont understand if i put 0.1 in that variable like as in the input, i use a 0.1 bohr width... 

How can i use safely 0.1 bohr in the width of gaussian?

Regards

[Marcella Iannuzzi]

 Dear Lucas, 

You define one  COLVAR, which is a coordination number.

Hence the space where the MTD potential is spawn is one dimensional and has the units of a coordination number, not a distance.

Regards

Marcella