Concretamente, la nica versin que presenta diferencias destacables en la trama es la Edicin Esmeralda; las otras dos solamente difieren en cuanto a la disponibilidad de ciertos Pokmon (ver Pokmon Rub y Zafiro y Pokmon Esmeralda). Por tanto, la gua es la misma para las tres versiones, aunque las diferencias existentes estarn bien especificadas.
NOTA: Las partes que se encuentran escritas de esta forma [...algo escrito...(Pokmon Esmeralda)] solo han sido comprobadas en Pokmon Esmeralda, as que tambin es posible que se den en Pokmon Rub y Zafiro.
El profesor Abedul se presentar y te dar la bienvenida al mundo de los Pokmon. Querr saber algo sobre ti, as que te preguntar si eres un chico o una chica y tu nombre. Cuando le hayas respondido, se acordar de que eres quien se acaba de mudar a su pueblo natal, villa Raz. Pedir que te pases luego por su laboratorio Pokmon para verle.
Te encuentras en el camin de las mudanzas en direccin a Villa Raz (Littleroot Town). Cuando el vehculo se detenga y las puertas se abran, sal de l. Tu madre saldr de casa para recibirte y entrars en ella. En el saln, algunos Machoke (en Pokmon Rub y Zafiro) o Vigoroth (en Pokmon Esmeralda) ayudan colocando los muebles en tu nueva casa. Cuando te dirijas hacia tu cuarto, asegrate de coger la pocin que hay en el PC. Antes de irte es imprescindible poner en hora el reloj que tu padre te ha comprado, as que hazlo. Cuando hayas terminado, tu madre ir a comprobar que todo est en su sitio y bajar al saln. Cuando la sigas, te llamar para que te acerques rpido al televisor, pues en un programa est saliendo el gimnasio Pokmon de ciudad Petalia (Petalburg City), del cual tu padre es lder. Por desgracia, no llegas a tiempo para verlo, de modo que el entrevistador finaliza el programa y se despide de todos.
Tu madre te dir que un amigo de tu padre vive tambin en este pequeo pueblo, llamado profesor Abedul. Quiere que le vayas a ver y te presentes. Sin embargo, si vas al laboratorio no estar, y si hablas con el ayudante te informar que el profesor Abedul est haciendo un trabajo de campo.
Ve a la casa del profesor Abedul, donde vive su hijo/a (tu rival), Aura (si elegiste ser chico) o Bruno (si elegiste ser chica). Su madre te atender y te dir que cree que est arriba en su cuarto. En Pokmon Rub y Zafiro el rival estar ya en su habitacin, mientras que en Pokmon Esmeralda ir cuando examines la Pok Ball que hay en el suelo, o si subes por las escaleras y bajas de inmediato. Cuando hables con l/ella, sal de su casa y vete del pueblo.
En la salida hacia la ruta 101 encontrars a un montaero (en Pokmon Rub y Zafiro) o una nia (en Pokmon Esmeralda) que acaba de or los gritos de alguien y no sabe qu hacer. Al adentrarte en la ruta, oirs el grito del profesor, quien est siendo atacado por un Poochyena (en Pokmon Rub y Zafiro) o un Zigzagoon (en Pokmon Esmeralda) y te pedir que cojas una Pok Ball de su mochila para ayudarle. Ten cuidado con esta decisin, pues el Pokmon que elijas ser el que el prof. Abedul te regalar. Puedes elegir a Treecko, que es un Pokmon tipo planta y acabar siendo muy veloz; Torchic, que acabar convirtindose en un Pokmon tipo fuego y tipo lucha, por lo que destacar su ataque; o Mudkip, que acabar siendo un Pokmon agua, y con el suplemento de tipo tierra, por lo que tambin destacar su ataque. T eliges.
Al elegir uno de los tres Pokmon, entablars un combate fcil contra el Poochyena/Zigzagoon, que est al nivel 2. Al derrotarlo, el profesor te explicar que estaba estudiando Pokmon en la zona de hierba alta cuando, de repente, el Poochyena/Zigzagoon le atac. Te lo agradecer, te reconocer y te llevar al laboratorio para charlar, pues este no es buen lugar para hacerlo.
Una vez all, te dir que tu padre le ha hablado mucho de ti y, como has sabido desenvolverte con gran destreza en el combate, te entregar el Pokmon que utilizaste como agradecimiento. Tambin te dir que su hijo/a se encuentra en la ruta 103 y que sera interesante que fueras a verle. Tendrs que aceptar hacerlo, as que sal del laboratorio y vuelve a la ruta 101,y ah te encontrars con los siguientes Pokmon:
Si intentas salir por el camino del oeste, un cientfico te lo impedir, pues se ve que ha encontrado las huellas de un Pokmon raro y las est inspeccionando, as que no te queda ms remedio que ir en direccin norte, hacia la ruta 103.
Al final de la ruta 103 estar tu rival, Bruno/Aura, estudiando los Pokmon salvajes que se pueden encontrar en esta ruta. Al verte, querr ensearte cmo se entrenan Pokmon y te retar a un combate. Su Pokmon ser del tipo ventajoso al tuyo. Para que el combate sea ms fcil, es recomendable haber subido varios niveles previamente a tu Pokmon.
Cuando le venzas, saldr corriendo hacia el Pueblo Escaso para curar a su Pokmon y despus a Villa Raz. Debers seguirle hasta el laboratorio de su padre. Una vez all, el profesor Abedul dar una Pokdex, un aparato de alta tecnologa que registrar los datos de los Pokmon que captures. Adems, tu rival te dar cinco Pok Balls. Cuando salgas del laboratorio, tu madre te estar esperando en la puerta de tu casa para entregarte unas deportivas, con las que corrers a una velocidad considerable pulsando el botn .
Es recomendable que si no quieres gastar dinero atrapes a uno que otro Zigzagoon, ya que ellos recogen objetos que te pueden ser tiles. Ahora podrs salir al Pueblo Escaso donde encontrars que el cientfico que crea haber encontrado huellas de un Pokmon raro, descubri finalmente que eran sus propias huellas, dejndonos as avanzar.
En esta ruta te encontrars con entrenadores para entrenar y objetos como Bayas Aranja y Meloc que encontrars al norte, as como la Pocin situada al final de la ruta.Los Pokmon que puedes encontrar aqu son:
En esta ciudad tendrs que entrar al Gimnasio Pokmon. All encontrars a tu padre. A mitad de la conversacin entrar Blasco, que le pedir a tu padre un Pokmon. Tu padre te dir que le acompaes para que atrape uno y le dar a Blasco un Zigzagoon y una Pok Ball. Juntos se irn del gimnasio y nos dirigiremos, en la Ruta 102, a la hierba alta. Pronto aparecer un Ralts al que Blasco debilitar y capturar con xito. Luego, volvers al gimnasio y Blasco le devolver el Zigzagoon a tu padre y se ir porque su madre le est esperando. Tu padre te dir que si quieres figurar entre los mejores entrenadores tendrs que ir a Ciudad Frrica y desafiar a la Lder de gimnasio Petra para despus continuar tu camino consiguiendo las medallas de los otros gimnasios y llegar hasta la Liga Pokmon. Algn da te tocar enfrentarte con tu padre, pues l tambin es un lder de gimnasio, pero ahora no es el momento, pues para hacerlo tendrs que conseguir primero cuatro medallas.
Antes de salir de ciudad Petalia, en la ruta 104, aparece un personaje llamado Treto, que es un buscador de entrenadores poderosos, pero ve que tu nivel es demasiado bajo y, entonces, se marcha (este personaje aparecer varias veces en el juego).
En esta ruta hay una playa y una casa con un puerto vaco. En este punto de la historia la encontrars vaca, pero luego de rescatar a Peeko, el Wingull del Sr. Arenque, en el Tnel Fervergal, estos dos personajes aparecern corriendo en crculos alrededor de una mesa en el interior de la casa.
En este lugar hay objetos ocultos en el suelo: al entrar, ve a la derecha hasta que no puedas avanzar ms y llegars una zona de hierba alta con un agujero en medio sin hierba, busca en l para obtener una pocin. Desde este punto tambin tienes una salida al sur que te lleva a una pequea meseta fuera del bosque a la que antes no podas acceder y en la que encontrars una Pok Ball.
Avanzando un poco ms tendrs el primer encuentro con uno de los soldados del Equipo Magma o Aqua (depender de la edicin que juegues). Andan intentando robar a un investigador de Devon S. A. y tu misin ser impedirlo.
Despus de derrotar al soldado, el investigador te dar una superball de agradecimiento. Sigue el camino hacia la izquierda y volvers a encontrar otra zona de hierba alta con un solo cuadrado sin hierba, husmea aqu para recoger una pok ball oculta. Unos pasos ms arriba (y sin ocultar) hay un ter. Ahora ya podemos salir del bosque Petalia y llegar a la parte norte de la ruta 104.
Sal del bosque Petalia por el norte y cuando entres de nuevo en la ruta 104, habla con el chico que est al lado de las bayas para que te d la MT09 (Recurrente) y luego entra a la floristera Pitimin (Pretty Petal Flower Shop). Habla con la chica que te dar un cubo Wailmer y para aprender todo lo que un buen entrenador debe saber sobre las bayas, al lado de esa chica hay otra que te explicar todo, luego te dar una baya. Detrs de la floristera habr una pocin en medio de unos matorrales y tambin dos objetos ocultos, una pocin y una pok ball. Cuando salgas de la floristera, ve a la derecha donde encontrars a unos entrenadores, antes, sobre, y despus del puente que, al cruzarlo, te dirigir a ciudad Frrica (Rutsboro City). Cerca de este puente habr una anciana, habla con ella y te dar una Baya Atania.
Antes de entrar a la ciudad, a la derecha, vers que hay un camino. Sguelo y vers que te lleva hacia una defensa X. Igualmente, a la derecha, si hablas con una abuela en la esquina junto al lago, te dar una baya atania.
Pasa por el primer edificio gris a la izquierda en la entrada de la ciudad; en el segundo piso, un nio te dar una honor ball que le dio su padre (en total tendrs diez pok balls contando esa que te da el nio). Una vez al salir del edificio, dirgete a la casa de al lado del Centro Pokmon y habla con el seor que te dar la MO Corte. Luego ve a la escuela Pokmon y habla con el profesor y te dar una garra rpida. Si vas a la casa que est al lado del gimnasio, un nio querr intercambiar un Seedot por un Ralts (en Rub y Zafiro un Slakoth por un Makuhita).
La primera tarea en ciudad Frrica ser ir al gimnasio a combatir contra la lder, Petra (Roxanne), especializada en Pokmon de tipo roca. Para vencerla, es recomendable tener a tus Pokmon del nivel 14 o ms.
Cuando le hayas ganado, agrgala a tu Poknavegador (lo conseguirs despus); y ella te llamar, no tienes que dirigirte al gimnasio. Petra es la cuarta lder en pedir su revancha. Su equipo es el siguiente:
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