Percebi em seu código que, ao pedir para que o usuário informe altura e peso, você não converte o que foi digitado para algum tipo de número (int, float, double).
A função
prompt que você usa pedindo que o usuário digite alguma coisa te retorna uma
string, logo, operações matemáticas com
string não numérica resultará em algo que não é um número, por isso seu cálculo do IMC está dando NaN: Not a Number.
É importante, nesse caso, transformar a string recebida que o usuário digitou em número.
Por exemplo: se o usuário digitar
85 quando lhe é pedido seu peso, a função
prompt vai te retornar
"85", e em JavaScript qualquer texto entre aspas simples ou duplas representa string, certo?
Logo, você vai ter que usar alguma função de parse para isso, e já que estamos falando de números que podem conter casas decimais (peso, altura), recomendo a função
parseFloat(), dê uma olhada aqui:
http://www.w3schools.com/jsref/jsref_parsefloat.asp