привет.
Для начала можно попробовать поменять стиль раскраски в настройках плагина (картинка вроде из far).
Если подходящей темы нет, то уже лезем в структуру схемы. Нужен файл Far Manager\Plugins\FarColorer\base\hrc\common.jar:\scripts\tex.hrc, в нем описаны правила разбора текста.
такой блок
<block start="/(\\(begin)\s*\{((equation))\})/" end="/(\\(end)\s*\{((equation))\})/x" scheme="Formula" region="Formula" region00="PairStart" region10="PairEnd" region01="Symb" region02="Word" region03="Bracket" region11="Symb" region12="Word" region13="Bracket"/>
раскрашивает блоки \begin{equation}
а все остальные , не подходящие под шаблоны (ниже/выше equation в hrc файле) блоки разбираются через
<block start="/(\\begin\s*\{)([\w]+)(\})/" end="/(\\end\s*\{)(\y2)(\})/x" scheme="TeX" region="Bracket"
region00="PairStart" region10="PairEnd"
region01="Word" region11="Word"
region02="LargeBracket" region12="LargeBracket"
region03="Word" region13="Word"/>
Так вот, каждому найденному региону в тексте будет сопоставлено название, например region="Formula". Как видно из строк выше для одних и тех же областей блока \begin сопоставляются разные названия. Каждое название может иметь синоним/прародитель , например в этом файле <region name="Formula" parent="Insertion"/>. И вот именно для Insertion в hrd файле задается значение цвета.
Сумбурно, но после прочтения ссылки будет понятнее.
Как итог, чтобы выровнить цвета - нужно поменять названия найденных регионов.
Почему изначально так сделано я не готов сказать. Видимо было удобно стандартные вещи подсвечивать одним цветом, все остальное другим.
Алейсей.