Olá André,
Geralmente esse tipo de problema é causado por mau contato ou interferência no barramento i2c entre o Arduino e o acelerômetro.
1. Se tiver acesso a um analisador de sinal ou osciloscópio, verifique a integridade dos sinais SDA e SCL.
2. Verifique mau contato nas conexões do sensor, principalmente se estiver montando em uma protoboard. Priorize conexões soldadas para o barramento i2c com respectivos resistores de pullup e a alimentação do MPU6050.
3. Tente um cabo mais curto ou com blindagem entre o sensor e o arduino. Em alguns ambientes com muita interferência já tivemos que usar cabos de no máximo 35-40cm.
Atualmente a implementação i2c do projeto trava quando há uma falha de comunicação. Uma contribuição legal seria implementar tratamento de erros no barramento i2c com sinalizações para depuração e recuperação de falhas.
Atenciosamente,
Henrique Latorre