No se si te he entendido bien , a ver si este simple ejemplo te vale:
Dos controladores, cada uno carga una vista diferente.
function c1()
{
$this->load->view('vista1');
}
function c2()
{
$this->load->view('vista2');
}
En el codigo de las vistas meterias los links:
vista1:
<?php echo anchor('c2','Ir al controlador C2 y cargar las vista2'); ?>
vista2:
<?php echo anchor('c1','Ir al controlador C1 y cargar las vista1'); ?>
No se si eso es a lo que te referias, espero que si :)