Lo más que puedo añadir a lo ya dicho (la seguridad se implanta en las políticas y programación de la aplicación), sólo me queda añadir que no dudes utilizar https; es importantísimo que si es un sitio delicado, los datos privados (por lo menos los de acceso) viajen con la máxima seguridad.
Te recomiendo que excluyas el directorio system de la parte accesible en el servidor. Osease, si la ruta en el server es /srv/www/
dominio.com/www/index... el system lo metas dentro de /srv/www/
dominio.com/ y luego modifiques index.php para especificar la nueva ruta y la ruta para application
Por supuesto, podemos decir que gran parte de la seguridad está en la aplicación, pero es muy importante tener bien configurado el servidor, no activar más servicios de los necesarios, restringir servicios internos (como por ejemplo ssh para sólo vuestra ip), intentar utilizar el mínimo de lenguajes posible, mantener las actualizaciones bien al día (tanto del servidor como del framework y librerías utilizadas), etc...
Por cierto, ¿el servidor es vuestro? porque si es un hosting de terceros, cuidado con lo que contratáis, ya que en mi trayectoria ya he tenído grandes problemas por fallas de seguridad en hosting de terceros (así que lo he solucionado manteniendo yo mis propios servidores)