Hola Gaston y amigos de la lista
Por lo que alcance a leer, no me quedo claro tu problema. Es de la DB, del CI o de los procedimientos que deseas hacer? Como menciona acertadamente Roberto hay en el CI una serie de formas de hacer los query, con los "active records" (en la version 2.1.0 que yo manejo, ignoro las anteriores) y estan muy detalladas en el manual que podes descargar en español o en las mismas ayudas del CI que se descargan junto con el framework.
Tambien como menciona Marcelo seria mas ilustrativo que nos pongas tus mensajes de error.
Para darte un parametro de manejo, te comento como suelo hacerlo en mis aplicaciones.
1-Uso codelobster que me permite armar el esqueleto de la aplicacion cuando inicio un nuevo proyecto e inclusive te carga los parametros de la DB para que ya quede configurado el database.php de la carpeta config.
2-En la misma carpeta, en autoload.php cargas la libreria database (en el array correspondiente) y demas cosas si asi lo deseas (models etc), fijate
3-En la base de datos ya tengo creada la DB tablas etc, ya que por una cuestion propia no suelo crearlas "en caliente" porque mis aplicaciones no son para instalar por el usuario, sino que estos son usuarios solo de datos no de administracion; pero si asi lo fuera podes crear un archivo de mysql con el sql de tu base y pedir que el instalador lo haga manualmente con cualquier manejador de db (por ejemplo phpmyadmin o similar)
4-en el controlador cargas los objetos que manejen al db segun tus necesidades, como menciona Roberto, por comodidad suelo usar los active record que son objetos muy ductiles, si tenes dudas consulta.
5-en models podes cargar tus modelos para manejar las querys si tal es el caso, muchas veces cuando son consultas simples o muy genericas los active records son lo ideal, pero si es algo un poco mas complicado me agrada (esto es algo personal) usar querys manuales. Todo eso lo podes ver en la pagina 95 del manual o en el apartado "database class" del item "Driver reference" de la ayuda del CI dentro de la distribucion.
Un cordial saludo