Hola daniela, algunos consejos que te recomiendo son :
Configura Codeigniter para urls amigables y que no muestre el index, usa la clase active records para abstraer la base de datos y no mostrar las operaciones, ademas usa algo de ajax (yo uso algo basico jquery y .load - para ciertas cosas es suficiente, no hay que ser experto en ajax) para no recargar la web y evitar mostrar en la barra del navegador la redireccion a controladores y demas.
Con este htcaccess + la configuracion que te recomiendo deberias lograr lo que estas buscando.
# RewriteBase /
Options FollowSymLinks
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L]
</IfModule>
<IfModule !mod_rewrite.c>
ErrorDocument 404 /index.php
</IfModule>
Saludos y cualquier cosa pregunta...