Я вообще иногда подключаю через контроллер, как вызов view. Тогда
можно генерировать css/js <<на лету>>. Бывает полезно :) И как раз то,
что вам нужно. Т.е. $this->load->view('style.css');, и обернуть это в
функцию css();. А потом во вьюхе вызвать URL этой штуки. Что-то вроде
http://blahblah.net/my_mega_controller/css. А так проще всего
складывать в какую-то отдельную директорию и указывать к ней
абсолютный путь. Типа /css/main.css.