Code_Asterのインストールについて

[Akira Yamamoto]

山本です。

Code_Asterのインストールについて教えて下さい。

CASSMI 2015.2-2で、ASTKからCode_Aster Ver11（並列版）を使用したいと考えています。

CASSAMI 2014.2 /opt/aster直下の11.6ディレクトリを、

CASSMI 2015.2-2 /opt/aster直下へコピーした後、

ASTKとEficasへ各々パスの設定をすると、1コア用のVer11は使用できるようになりました。

（ASTKは、/opt/aster/etc/codeaster/asterでパス設定、Eficasは、Eficas Parametersより設定）

並列版も同様に、/opt/aster直下へPAR11.6ディレクトリをコピーしてみましたが、

使用できませんでしたので、ホームページを参考にインストール作業を行いました。

作業は、一度コピーした11.6ディレクトリを削除して、単独版から並列版のインストールまで行いました。

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◆ /opt/aster/public/med-3.0.7が無かった為、単独版Ver11.6をインストールして作成

◆ /opt/petsc-3.2-p7のインストールは何故か失敗した為、並列版のインストールでは、

　 Ubuntu_gnu_mpi.pyの記述を変更し、元々インストールしたあったpetsc-3.4.5を指定

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インストール作業後、/opt/aster/etc/codeaster/asterで各Verへのパスを再設定しても反映されなくなり、

全Verで計算が走らなくなってしまいました。

別VerのCode_Asterを追加でインストールする場合について注意点が有れば教えて頂けないでしょうか。

具体的でなく答えようのない質問かも知れませんが、思い当たる事でも教えて頂ければ幸いです。

＊CASSMI 2015.2-2　/opt/aster/etc/codeaster/aster

　　Code_Asterへのパス設定が下記の通りになっており、

　　PAR12.5とPAR13.1が1コア用の設定になっています。

　　質問とは直接関係有りませんが、参考まで。

       

　　vers : stable:/opt/aster/12.5/share/aster

　　vers : testing:/opt/aster/13.1/share/aster

　　vers : PAR12.5:/opt/aster/12.5/share/aster

　　vers : PAR13.1:/opt/aster/13.1/share/aster

[kengo]

CASSMI の Code_Aster は salome に組み込むために特殊なコンパイルをしています。
この方法は、私のHPとは別のものです。

ですので、現状で全Verで計算ができないのは、CASSMI に上書きして普通のコンパイルをしたために
salome 用にコンパイルしたライブラリと普通にコンパイルしたライブラリが混在しているのが原因と思います。


PAR11.6 を CASSMI 2015.2-2 に入れるには、全く別のフォルダを作って、
そこに 0 から並列版 Code_Aster をコンパイルしてください。

この方法で作った並列版 Code_Aster は Salome(-Meca) からは起動できませんが、
並列版 Code_Aster の ASTK からは起動できます。


以上

[Akira Yamamoto]

kengo様

アドバイス有難う御座います。

教えて頂いた通りに別フォルダを指定すると、

CASSAMIにインストール済の環境を壊す事なく、新規のCode_Asterをインストールする事が出来ました。

ただし、1回目のインストールでは並列版11.6がきちんと動作したのですが、

再度、CASSAMIのインストールからやり直すと、動作しない結果となってしまいました。

何故インストールの成否が再現しないのかもう少し検討してみようと思います。

状況が整理できたらまた質問させて頂けたらと思います。

[Akira Yamamoto]

山本です。

並列版Code_Asterのコンパイルにチャレンジしているのですが成功しません。

私の手順は下記の通りです。

①単独版Code_Asterを、/opt/asterとは別ディレクトリにインストール

    （opt直下の別のディレクトリを指定してインストール）

    python setup.py install --prefix=/opt/my_aster

②並列版Code_Asterを単独版Code_Asterと同じディレクトリ（/opt/my_aster）へインストール

　２－１．export ASTER_ROOT=/opt/my_aster

　２－２．./waf configure --use-config-dir=$ASTER_ROOT/11.6/share/aster --use-config=Ubuntu_gnu_mpi --prefix=$ASTER_ROOT/PAR11.6

　２－３．./waf install -p

本手順後、/opt/aster/etc/codeaster/asterで、/opt/my_aster直下のCode_Asterへパスを設定すると、

単独版11.6は動作するのですが、並列版11.6はエラーになってしまいます。

並列版11.6のmessファイルの中身は下記の通りです。

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

End of the Code_Aster execution - MPI exits normally

EXECUTION_CODE_ASTER_EXIT_2894-akira-virtual-machine=1

 <I>_EXIT_CODE = 1

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

＊単独版をインストールした/opt/my_asterの方でも、

　並列版ホストファイルの作成や、

　asrunのmpi_get_procid_cmd : echo $OMPI_COMM_WORLD_RANKへの書き変えは行っています。

＊並列版インストールの時に、PETSCに関する下記エラーが出ていましたが、

　私の環境のCPU数が4なので、その変更と理解して問題ないのかなと思ってます。

　/usr/bin/ld: 警告: シンボル `petscfortran9_' のサイズが 8 (bibfor/petsc/apalmc.F90.1.o 内) から 

　4 (/opt/petsc-3.4.5/arch-linux2-c-opt/lib/libpetsc.a(somefort.F.o) 内) に変更されました

　/usr/bin/ld: 警告: シンボル `petscfortran10_' のサイズが 8 (bibfor/petsc/apalmc.F90.1.o 内) から

　 4 (/opt/petsc-3.4.5/arch-linux2-c-opt/lib/libpetsc.a(somefort.F.o) 内) に変更されました

私の手順で問題点が有れば教えて頂けないでしょうか。

messファイルのエラーは、MPIの設定に何か問題がある事を意味してるのでしょうか？

また 並列版インストール時の、

./waf configureでの--use-config-dir=$ASTER_ROOT/11.6/share/asterは、

設定ファイルは、単独版を参照する事を意味しているのですか？

分からなさ過ぎて質問がぐちゃぐちゃですが・・・、

どうぞ宜しくお願い致します。

[kengo]

CASSAMI の /opt のライブラリをそのまま流用していませんか？

CASSAMI の /opt のライブラリも全て salome に組み込むようにコンパイルしているので、
別個にインストールした並列版 Code_Aster のライブラリとしては使用できないと思います。

新規に並列版を作る場合は、OpenBLAS のコンパイルから全て行って下さい。


以上

[Akira Yamamoto]

御回答、ありがとうございます。

仰る通り、ライブラリは、新規にコンパイルするのが面倒で、

/opt直下のライブラリをそのまま指定していました。

次回チャレンジの時は、全て最初からコンパイルしてみます！

＊追加で１件質問させて下さい。

　単独版コンパイル時に必ずgraceのインストールに失敗しています。

　"configure: error: M*tif has not been found"で、M*tifがないと言われているようなのですが・・・

　事前に何かインストールしておかないといけないのでしょうか？

インストールログ（Install Files/aster-full-src-11.6のsetup.logより）

---------------------------------------------------------------------------------------

 Installation of   : grace 5.1.23

Destination       : /opt/my_aster/public/grace-5.1.23

Elapsed time      : 7.89 s

                                                                      

*** Exception <class 'as_setup.SetupConfigureError'> raised : error during configure

See detailed traceback in the logfile

                                                                       [FAILED]

-----------------------------------------------------------------------------------------

--------------------------------------------------------------------------------

Installation of   : grace 5.1.23

  Grace is a WYSIWYG tool to make two-dimensional plots

  of numerical data.

Archive filename  : grace-5.1.23

Destination       : /opt/my_aster/public/grace-5.1.23

Working directory : /tmp/install_grace.3298

--------------------------------------------------------------------------------

Filling cache...                                                       [  OK  ]

Checking permissions...                                                [  OK  ]

>>> Extraction <<<

entering directory '/tmp/install_grace.3298'

Extracting grace-5.1.23.tar.gz...                                      [  OK  ]

 --- 521 files extracted

leaving directory '/tmp/install_grace.3298'

>>> Configuration <<<

entering directory '/tmp/install_grace.3298/grace-5.1.23'

Command line : ./configure --prefix=/opt/my_aster/public/grace-5.1.23

configure grace installation...                                        

Command output :

configure grace installation...                                        [FAILED]

Exit code : 1

checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu

checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu

checking for gcc... /usr/bin/gcc

checking whether the C compiler works... yes

checking for C compiler default output file name... a.out

checking for suffix of executables... 

checking whether we are cross compiling... no

checking for suffix of object files... o

checking whether we are using the GNU C compiler... yes

checking whether /usr/bin/gcc accepts -g... yes

checking for /usr/bin/gcc option to accept ISO C89... none needed

checking for library containing strerror... none required

checking how to run the C preprocessor... /usr/bin/gcc -E

checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep

checking for egrep... /bin/grep -E

checking for ANSI C header files... yes

checking for sys/types.h... yes

checking for sys/stat.h... yes

checking for stdlib.h... yes

checking for string.h... yes

checking for memory.h... yes

checking for strings.h... yes

checking for inttypes.h... yes

checking for stdint.h... yes

checking for unistd.h... yes

checking minix/config.h usability... no

checking minix/config.h presence... no

checking for minix/config.h... no

checking whether it is safe to define __EXTENSIONS__... yes

checking for f77... no

--> Fortran tests won't be compiled

checking whether char is unsigned... no

checking size of char... 1

checking size of short... 2

checking size of int... 4

checking size of long... 8

checking size of long long... 8

checking size of float... 4

checking size of double... 8

checking size of long double... 16

checking size of void *... 8

checking whether byte ordering is bigendian... no

checking for FPU arithmetics type... Little endian IEEE

checking whether make sets $(MAKE)... yes

checking for ar... ar

checking for ranlib... ranlib

checking whether ln -s works... yes

checking for bison... bison -y

checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c

checking for lp... 'lp -c'

--> Using "'lp -c'" to print

checking for ANSI C header files... (cached) yes

checking for sys/wait.h that is POSIX.1 compatible... yes

checking for unistd.h... (cached) yes

checking fcntl.h usability... yes

checking fcntl.h presence... yes

checking for fcntl.h... yes

checking sys/param.h usability... yes

checking sys/param.h presence... yes

checking for sys/param.h... yes

checking sys/time.h usability... yes

checking sys/time.h presence... yes

checking for sys/time.h... yes

checking sys/select.h usability... yes

checking sys/select.h presence... yes

checking for sys/select.h... yes

checking whether time.h and sys/time.h may both be included... yes

checking math.h usability... yes

checking math.h presence... yes

checking for math.h... yes

checking float.h usability... yes

checking float.h presence... yes

checking for float.h... yes

checking ieeefp.h usability... no

checking ieeefp.h presence... no

checking for ieeefp.h... no

checking for an ANSI C-conforming const... yes

checking for pid_t... yes

checking for size_t... yes

checking whether struct tm is in sys/time.h or time.h... time.h

checking return type of signal handlers... void

checking for working alloca.h... yes

checking for alloca... yes

checking for getcwd... yes

checking for gethostname... yes

checking for strstr... yes

checking for memcpy... yes

checking for memmove... yes

checking for unlink... yes

checking for fcntl... yes

checking for popen... yes

checking for gettimeofday... yes

checking for fnmatch... yes

checking for vsnprintf... yes

checking for on_exit... yes

checking for strerror... yes

checking for drand48... yes

checking for drand48 declaration in stdlib.h... yes

checking for setlocale... yes

checking whether realloc is buggy... no

checking for sin in -lm... yes

checking for hypot... yes

checking for hypot declaration in math.h... yes

checking for rint... yes

checking for rint declaration in math.h... yes

checking for cbrt... yes

checking for cbrt declaration in math.h... yes

checking for log2... yes

checking for log2 declaration in math.h... yes

checking for asinh... yes

checking for asinh declaration in math.h... yes

checking for acosh... yes

checking for acosh declaration in math.h... yes

checking for atanh... yes

checking for atanh declaration in math.h... yes

checking for lgamma... yes

checking for lgamma declaration in math.h... yes

checking for signgam declaration in math.h... yes

checking for erf... yes

checking for erf declaration in math.h... yes

checking for erfc... yes

checking for erfc declaration in math.h... yes

checking for j0... yes

checking for j0 declaration in math.h... yes

checking for j1... yes

checking for j1 declaration in math.h... yes

checking for jn... yes

checking for jn declaration in math.h... yes

checking for y0... yes

checking for y0 declaration in math.h... yes

checking for y1... yes

checking for y1 declaration in math.h... yes

checking for yn... yes

checking for yn declaration in math.h... yes

checking for finite... yes

checking for finite declaration in math.h... yes

checking for isfinite... no

checking for isnan... yes

checking for isnan declaration in math.h... yes

checking for T1lib >= 1.3.1... no

--> Bundled version of T1lib will be used

checking "which ANSI integer type is 16 bit"... short

checking "which ANSI integer type is 32 bit"... int

checking "which ANSI integer type is 64 bit"... long

checking for library containing xdrstdio_create... none required

checking for library containing dlopen... -ldl

./configure: line 8075: test: too many arguments

checking whether RTLD_NOW is defined in dlfcn.h... yes

checking for netCDF API version >= 3.0... no

--> support for netCDF is disabled

checking for FFTW library >= 2.1.3... no

--> using legacy unoptimized FFT code

checking for zlib >= 1.0.3... yes

checking for IJG JPEG software >= 61... no

--> JPEG backend is disabled

checking for libpng >= 0.9.6... no

--> PNG backend is disabled

checking for PDFlib >= 5.0.0... no

--> PDF driver is disabled

checking for X... libraries , headers 

checking for gethostbyname... yes

checking for connect... yes

checking for remove... yes

checking for shmat... yes

checking for IceConnectionNumber in -lICE... no

checking for _XEditResCheckMessages in -lXmu... no

--> support for EditRes protocol is disabled

checking for main in -lXp... no

checking for XpmCreatePixmapFromData in -lXpm... no

checking for a Motif >= 1002 compatible API... no

configure: error: M*tif has not been found

EXIT_COMMAND_3298_00000067=1

 *** Exception raised : error during configure

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[kengo]

grace は motif を事前にインストールすれば、コンパイルできたと思います。

過去に motif をインストールして grace のコンパイルに成功したことがありますが、
バージョンを変えると成功しなかったことと、普段から使わないので、
私の HP の手順では grace はコンパイルしないままとしています。


以上

[Akira Yamamoto]

有難うご座います。

motifというGUIツールを事前インストールするのですね。

自分もkengo様のように、環境を自分で構築できるようになりたいです。

大変助かりました。

山本