INSTALAÇÂO MPAS ( VERSÂO 2015)

[Regis Grundig]

INSTALAÇÃO DO  MPAS (GNU FORTRAN)

PADRONIZAÇÃO:

Bibliotecas instaladas pelo YUM ficam em diversos lugares mas em sua maioria em /usr/lib64  /usr/include 

Bibliotecas instaladas sem o YUM  ficarão em  /usr/local   (--prefix=/usr/local)

Bibliotecas instaladas pelo YUM mas que precisam de uma versão específica (tipo LIBPNG) ficam em /usr/local/gnu 

AÇÕES COMO ROOT

REPOSITÓRIOS: (NECESSÁRIOS PARA USO DO YUM)

• Rpm -Uvh http://pkgs.repoforge.org/rpmforge-release/rpmforge-release-0.5.3-1.el7.rf.x86_64.rpm
  
• rpm -Uvh http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/e/epel-release-7-5.noarch.rpm
  
• rpm -Uvh http://dl.atrpms.net/all/atrpms-repo-7-7.el7.x86_64.rpm
  
• rpm -Uvh http://repo.webtatic.com/yum/el7/webtatic-release.rpm
  
• rpm -Uvh http://rpms.famillecollet.com/enterprise/remi-release-7.rpm
  
• rpm -Uvh http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/e/epel-release-7-5.noarch.rpm
  
• rpm -Uvh http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/e/epel-release-7-5.noarch.rpmrpm -Uvh http://pkgs.repoforge.org/rpmforge-release/rpmforge-release-0.5.3-1.el7.rf.x86_64.rpm
  
• wget http://pkgs.repoforge.org/rpmforge-release/rpmforge-release-0.5.3-1.el7.rf.x86_64.rpm
  
• rpm -Uvh rpmforge-release-0.5.3-1.el7.rf.x86_64.rpm
  

INSTALAÇÃO DO PACOTE PRIMORDIAL DE BIBLIOTECAS 

yum install libX11 libX11-devel

yum openmpi openmpi-devel

yum install netcdf netcdf-devel netcdf-openmpi netcdf-openmpi-devel netcdf-fortran netcdf-fortran-devel netcdf-fortran-openmpi netcdf-fortran-openmpi-devel netcdf4-python

yum install hdf hdf-devel hdf5 hdf5-devel hdf5-openmpi hdf5-openmpi-devel

yum install slib

yum install cairo cairo-devel cairo-tools

m

yum install libpng libpng-devel   ( Essa que o YUM instala não serve para alguns pogramas mas serve para outros. Vamos instalar duas versões)

yum install pkgconfig

yum install freetype freetype-devel

yum install pixman pixman-devel

yum install zlib zlib-devel

yum install libcurl-devel libcurl

 yum install hdf hdf-devel

yum install hdf5 hdf5-devel hdf5-openmpi hdf5-openmpi-devel

yum install jasper jasper-devel

yum install gdal gdal-devel gdal-perl gdal-python gdal-libs

yum install udunits udunits2

DEFINIR OPÇÕES DE COMPILAÇÃO PARA COMPILAÇÃO DE BIBLIOTECAS NÃO INSTALÁVEIS PELO YUM 

export CC=gcc

export CFLAGS='-O -ansi -fopenmp -fPIC'

export FC=gfortran 

export FFLAGS='-fPIC -fopenmp'

export F90=gfortran 

export F90FLAGS='-fPIC -fopenmp'

export CXX=g++

export CXXFLAGS='-O -ansi -fopenmp -fPIC'

export CPPFLAGS='-DNDEBUG'

COMPILAR BIBLIOTECAS NÃO INSTALÁVEIS COM YUM 

JPEGLIB

wget http://www.ijg.org/files/jpegsr6b.zip   (SÓ ERVE ESSA!!)

DEPOIS DE DESCOMPACTAR:

./configure --prefix=/usr/local
make all install  (deve dar um erro ao instalar o man page mas pode seguir adiante)
make install-lib
make install-headers 



PNGLIB  (instalar versão 1.2.x )

wget http://sourceforge.net/projects/libpng/files/libpng12/1.2.52/libpng-1.2.52.tar.gz
./configure  --with-pic --prefix=/usr/local/gnu 
make all install

SZLIB 
Baixar versão mais atual em:
ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4/
./configure --prefix=/usr/local
  make all install

LIBCURL
------------------ SOB JÚDICE ESSA PARTE POR QUE A VERSÃO 7.40 NÃO INSTALA E A VERSÃO DO YUM É MAIS ATUAL DO QUE A QUE PODE SER INSTALADA) ------------------
LIBCURL ( VERSÃO MAIS ATUAL . INSTALAR SÓ SE O YUM NÃO INSTALOU VERSÃO MAIS ATUAL) 
INSTALAR A VERSÃO MAIS ATUAL É SOMENTE PARA COMPILAR O HDF5.
wget http://curl.haxx.se/download/curl-7.40.0.tar.gz
./configure --prefix=/usr/local --with-zlib=/usr/local --with-pic
make all install 

NETCDF (ATENÇÃO. O NETCDF É A MÃE DE TODOS OS PROBLEMAS DE COMPILAÇÃO) 

PROBLEMÁTICA: O CAM3.3 e alguns outros usam NETCDF3.6.2 e outars coisas usam o NETCDF4. Porem NETCDF3 e NETCDF4 não são ocmpatíveis e para serem tem que usar alguns malabarismos. Além disso , o YUM instala uma versão que não corresponde a versão recomendada para aplicações mais atuais. Por isso, teremos três níveis de NETCDF:

NETCDF3  instalado em /usr/local/NETCDF3 

NETCDF do YUM  instalado em /usr/lib64 /usr/include  /usr/bin  (na data desse documento versão 4.3.2-4) 

NETCDF4  Instalar a versão de NETCDF 4 sugerida pelo manual do MPAS ( 4.1.3) 

INSTALAÇÃO DO NETCDF3 

VEJA TÓPICO NESSE FORUM: 

https://groups.google.com/forum/#!topic/climabr/EkD0fSN47Fs

INSTALAÇÃO DO NETCDF4 VERSÃO 4.1.3  (PARA O MPAS)

./configure --prefix=XXXXX --disable-dap --disable-netcdf-4 --disable-cxx --disable-shared --enable-fortran
make all check
make install 

INSTALAÇÃO DO PARALLEL-NETCDF  (VERSÃO PARA O MPAS) 

pré-ajuste: 
export PATH=$PATH:/usr/lib64/openmpi/bin/
export MPIF90=mpif90
export MPIF77=mpif90
export MPICC=mpicc
export NETCDF_PATH=/usr/local/NETCDF4   (NETCDF QUE FOI USADO PARA O MAPS)
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib/
baixar:
wget https://trac.mcs.anl.gov/projects/parallel-netcdf/wiki/Download


instalar: 
./configure --prefix=/usr/local/PNETCDF
make
make install

INSTALAÇÃO DO PARALLEL-NETCDF  (VERSÃO PARA GERAL)
pré-ajuste: 
export PATH=$PATH:/usr/lib64/openmpi/bin/
export MPIF90=mpif90
export MPIF77=mpif90
export MPICC=mpicc
export NETCDF_PATH=/usr/local/
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib/
baixar:
wget https://trac.mcs.anl.gov/projects/parallel-netcdf/wiki/Download


instalar: 
./configure --prefix=/usr/local/
make
make install

INSTALAÇÃO DO PIO (MPAS E CAM5) 
pré-ajuste: 
export PATH=$PATH:/usr/lib64/openmpi/bin/
export MPIF90=mpif90
export MPIF77=mpif90
export MPICC=mpicc
export NETCDF_PATH=/usr/local/NETCDF4
export PNETCDF_PATH=/usr/local/PNETCDF
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib/
baixar:

svn export http://parallelio.googlecode.com/svn/trunk_tags/pio1_7_1

instalar: 
./configure --prefix=/usr/local/PIO
gmake
gmake install


INSTALAÇÃO DO G2CLIB 

 wget http://www.ncl.ucar.edu/Download/files/g2clib-1.5.0-patch.tar.gz
 tar -xzvf g2clib-1.5.0-patch.tar.gz
 cd g2clib-1.5.0-patch/
 vim makefile  (**) 
 make
 cp libgrib2c.a /usr/local/lib
 cp libgrib2c.a /usr/lib64/
 cp grib2.h /usr/include/
 cp grib2.h /usr/local/include/



(**) linhas a alterar no makefile
INC=-I/usr/include -I/usr/include/jasper -I/usr/local/include
CC=gcc

INSTALAÇÃO DO HDF-EOS4

wget ftp://edhs1.gsfc.nasa.gov/edhs/hdfeos/latest_release/HDF-EOS2.19v1.00.tar.Z 
tar -xzvf HDF-EOS2.19v1.00.tar.Z
cd hdfeos/
./configure CC=/usr/bin/h4cc --with-hdf4=/usr/lib64 --with-zlib=/usr/lib64 --with-jpeg=/usr/lib64 --prefix=/usr/local
make all install


 INSTALAÇÃO DO HDF-EOS5

wget ftp://edhs1.gsfc.nasa.gov/edhs/hdfeos/latest_release/HDF-EOS2.19v1.00.tar.Z 
tar -xzvf HDF-EOS2.19v1.00.tar.Z
cd hdfeos/
./configure  --prefix=/usr/local
make all install
cp include/HE5_GctpFunc.h include/HE5_HdfEosDef.h /usr/local/include/



INSTALAÇÃO TRIANGLE DE VORONOI ( PRECISA PRO NCL QUE SERÁ UTIL PRO MPAS)

 wget http://www.netlib.org/voronoi/triangle.zip
 mkdir triangle
 cd triangle/
 unzip ../triangle.zip 
 vim makefile (*)
 make all
 cp triangle showme /usr/local/bin/

GUARDE ESSE DIRETORIO POR QUE SERÁ UTIL PARA INSTALAR O NCL) 
(*)ALTERAR : 
CSWITCHES = -O -DLINUX -I/usr/include -L/usr/lib64

INSTALAÇÃO DO NCL 

PAREI AQUI !!!!!!   (AGORA É FODA!!!)