Для начала проверьте, хватает ли оперативной памяти на машине.
Например, для загрузки тестовых данных из tutorial, требуется по крайней мере 8 GB.
Посмотреть можно, набрав dmesg после недоступности сервера, и изучив сообщения, которые там расположены,
либо наблюдая вживую за потреблением оперативки в top-е, либо смотря графики оперативки, если такие есть.
Далее. Если ClickHouse не самой свежей версии, то установите последнюю.
Посмотреть, какая версия последняя, можно здесь:
http://repo.yandex.ru/clickhouse/trusty/pool/main/c/clickhouse/(аналогично для precise, xenial)
Либо в Git репозитории - последний stable тег.
Если вы собирали ClickHouse самостоятельно, то скажите, на какой системе и с какими настройками.
Затем посмотрите на ошибки в логе. Это /var/log/clickhouse-server/clickhouse-server.err.log.