Таблица типа RepliacingMergeTree - стабильная функциональность, используемая в продакшене.
Но сценарий её использования довольно ограничен.
Дело в том, что фильтрация дублирующихся записей производится при слияниях, а слияния производятся в произвольный момент времени, который обычно не контролируется пользователем.
То есть, такие таблицы лучше всего подходят, когда вам нужна фоновая чистка дублирующихся записей в целях экономии места, но само наличие дубликатов не принципиально.
В таблице system.parts отображаются как активные партиции (которые используются для чтения), так и старые партиции, оставшиеся после слияния (такие удаляются через несколько минут).
Чтобы показать только активные партиции, нужно написать WHERE active.
Для того, чтобы выполнить слияние побыстрее, можно использовать OPTIMIZE. Но вызывать каждый раз OPTIMIZE будет очень неоптимально.
Также есть вариант, использовать модификатор FINAL во FROM - он вызывает, по сути, слияние данных при чтении - это тоже работает неэффективно.