BETA Error using data from not listed genome

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astou...@googlemail.com

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Sep 17, 2020, 5:31:49 AM9/17/20
to Cistrome
Hello,
I am running BETA locally and using a bed file and expression file for Bos Taurus.
As advised in the manual, we can ignore -g if we dont use one of the genomes listed.

It does not work! this is the error:
ERROR: Genome(hg19, mm9, hg38, hg18, mm10) or the refseq geneinfo from UCSC is request. 

If I put -g hg38 I have an error. I will put the whole output:

[11:25:43] Argument List:                                                                                                                  [11:25:43] Name = BD_BETA                                                                                                            [11:25:43] Peak File = Diff_WT_vs_Mock_Del.bed                                                                        [11:25:43] Top Peaks Number = 10000                                                                                           11:25:43] Distance = 100000 bp                                                                                                    [11:25:43] Genome = hg38                                                                                                                [11:25:43] Expression File = CD8_BosTaurus_Genes_BETA.txt                                                  [11:25:43] BETA specific Expression Type                                                                                      [11:25:43] Number of differential expressed genes = 0.5                                                            [11:25:43] Differential expressed gene FDR Threshold = 1                                                          [11:25:43] Up/Down Prediction Cutoff = 0.001000                                                                      [11:25:43] Function prediction based on regulatory potential                                                    [11:25:43] Check Diff_WT_vs_Mock_Del.bed successfully!                                                        [11:25:43] A2M  -1.849328647    0.000598198                                                                            is not the header of the expression file                                                                                          [11:25:43] Checking the differential expression infomation...                                                    [11:25:43] Take the first line with Differential Information as an example: 
A2M -1.849328647    0.000598198                                                                                                                                                                                                                                                              [11:25:43] Differential Expression file format successful passed                                              [11:25:43] You do not like filter peak by CFCT boundary, it will be filtered only by the distance  
[11:25:43] Read file <Diff_WT_vs_Mock_Del.bed> OK! All <1503> peaks.                                [11:25:44] Process <51276> genes                                                                                                  [11:25:44] Finished! Preliminary results saved into temporary file: <BD_BETA.txt>                Traceback (most recent call last):                                                                                                  File "/usr/local/bin/BETA", line 4, in <module>                                                                                                                                                                      __import__('pkg_resources').run_script('BETA-Package==1.0.7', 'BETA')                                                                                                                                            File "/home/a/.local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 666, in run_script                                                                                                          self.require(requires)[0].run_script(script_name, ns)                                                                    File "/home/a/.local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 1469, in run_script                                                                                                         exec(script_code, namespace, namespace)                                                                                                                  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/BETA_Package-1.0.7-py2.7.egg/EGG-INFO/scripts/BETA", line 193, in <module>                                                                                                                                                                                                                                                  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/BETA_Package-1.0.7-py2.7.egg/EGG-INFO/scripts/BETA", line 183, in main                                                                                                                                                                                                                                                          File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BETA/runbeta.py", line 69, in basicrun                              File "build/bdist.linux-x86_64/egg/BETA/expr_combine.py", line 78, in gene_classify          ValueError: could not convert string to float: NA  


Any help with that please?

Many thanks.

Abdulkader
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