use circos

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Bouazizi iman

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May 5, 2021, 5:17:24 PMMay 5
to Circos
https://stackoverflow.com/questions/67342060/use-circos-function-in-circos

Can someone help me ? How can I add my circos function in my data? when i try i get an error message and it doesn't produce any results I want to do a donut figure like the representation number 1 but i have one other resultat that we can see in the other picture. Trying to follow this guide

Name;Integrons_1;Integrons_2;Integrons_3;TEM;SHV;CTX_M;NDM;OXA_48 HZ1410;1;0;0;1;1;0;1;1 HZ0411;1;0;0;1;0;0;0;1 WI1410;1;0;0;1;1;0;0;1 WI0411;1;0;0;1;0;0;1;0 FR1410;1;0;0;1;0;0;0;0 FR0411;0;0;0;1;1;0;0;0 CN1410;1;0;0;1;1;0;1;0 CN0411;1;0;0;1;0;0;0;1 SA0912;0;0;0;0;0;0;0;0 SA0302;1;0;0;1;0;0;0;0 BL0912;1;0;0;1;1;0;0;0 BL0302;1;0;0;1;1;1;0;1 CSI0912;1;1;0;1;0;0;0;1 CSI0302;1;0;0;1;1;1;1;1 CSII0912;1;1;0;1;0;1;1;0 CSII0302;1;0;0;1;0;0;0;0 BGI0503;1;1;1;1;1;0;0;0 BGI0610;1;0;0;1;1;0;0;0 BGII0503;1;1;1;1;1;0;0;0 BGII0610;1;0;1;1;1;0;0;0 BCI0503;1;0;1;1;1;0;1;1 BCI0610;1;0;1;1;0;0;0;0 BCII0503;1;0;1;1;1;0;1;0 BCII0610;1;0;1;1;0;0;0;0 BDI0503;1;0;0;1;1;0;0;0 BDI0610;1;1;1;1;1;1;1;0 BDII0503;1;0;1;1;0;1;0;0 BDII0610;1;1;1;1;1;1;0;1 YPI0503;1;0;1;1;0;0;0;0 YPI0710;1;1;1;1;1;1;0;1 YPII0503;1;0;1;1;0;0;0;1 YPII0710;1;1;1;1;1;1;0;0 YMI0503;1;1;1;1;1;0;1;0 YMI0710;1;1;1;1;1;1;1;1 YMII0503;1;1;1;1;1;0;0;1 YMII0710;1;1;1;1;1;1;1;1 YSI0503;1;1;0;0;1;0;0;0 YSI0710;1;1;1;1;1;1;1;1 YSII0503;1;1;0;1;1;0;0;0 YSII0710;0;1;1;1;1;0;0;0

And my code is represented here:

#### IMPORT DES DONNEES #### nba = read.csv("essai_r.csv", sep=";", header=T) #attention : toujours utilise le format csv avec le sep = ";" pour avoir de #beaux tableaux #### INSTALLATION DES LIBRARY #### library(reshape) library(ggplot2) library(plyr) library(circlize) #### CREATION DES TABLEAUX : FCT MELT #### nba$Name <- with(nba, reorder(Name, GES)) nba.m <- melt(nba) #pas utilise car ce n'est pas ce que je veux #nba.m <- ddply(nba.m, .(variable), transform, value = scale(value)) #### MODIFICATION DES DONNEES : FACTOR -> NUMERIQUES #### # Convert the factor levels to numeric + quanity to determine size of hole. nba.m$var2 = as.numeric(nba.m$variable) + 15 # Labels and breaks need to be added with scale_y_discrete. y_labels = levels(nba.m$variable) y_breaks = seq_along(y_labels) + 15 #### CREATION DE LA HEATMAP (DEGRADE DE COULEUR UNIQUEMENT) #### p2 = ggplot(nba.m, aes(x=Name, y=var2, fill=value)) + geom_tile(colour="black") + scale_fill_gradient(low = "beige", high = "red") + ylim(c(0, max(nba.m$var2) + 0.5)) scale_y_discrete(breaks=y_breaks, labels=y_labels) + coord_polar(theta="x") + theme(panel.background=element_blank(), axis.title=element_blank(), panel.grid=element_blank(), axis.text.x=element_blank(), axis.ticks=element_blank(), axis.text.y=element_text(size=5)) ggsave(filename="plot_2.png", plot=p2, height=7, width=7) #sauvegarde le fichier dans le dossier circos.par(start.degree = 90, gap.degree = 10) #### CREATION DE LA HEATMAP BIS (AVEC NOMS DE SITES ) nba.labs <- subset(nba.m, variable==levels(nba.m$variable)[nlevels(nba.m$variable)]) nba.labs <- nba.labs[order(nba.labs$Name),] nba.labs$ang <- seq(from=(360/nrow(nba.labs))/1.5, to=(1.5*(360/nrow(nba.labs)))-360, length.out=nrow(nba.labs))+80 nba.labs$hjust <- 0 nba.labs$hjust[which(nba.labs$ang < -90)] <- 1 p3 = ggplot(nba.m, aes(x=Name, y=var2, fill=value)) + geom_tile(colour="black") + geom_text(data=nba.labs, aes(x=Name, y=var2+1.5, label=Name, angle=ang, hjust=hjust), size=3) + scale_fill_gradient(low = "beige", high = "steelblue") + ylim(c(0, max(nba.m$var2) + 1.5)) + scale_y_discrete(breaks=y_breaks, labels=y_labels) + coord_polar(theta="x") + theme(panel.background=element_blank(), axis.title=element_blank(), panel.grid=element_blank(), axis.text.x=element_blank(), axis.ticks=element_blank(), axis.text.y=element_text(size=5)) nba.labs$ang[which(nba.labs$ang < -90)] <- (180+nba.labs$ang)[which(nba.labs$ang < -90)] #### Representation graphique #### p3

Martin Krzywinski

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May 5, 2021, 5:19:28 PMMay 5
to circos-data-...@googlegroups.com
This group is for the original Circos application not the R implementation.

Martin Krzywinski
science + art



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Fathia Aboudi

unread,
May 11, 2021, 5:43:34 PMMay 11
to circos-data-...@googlegroups.com
Dear Martin,
I'm Fathia ABOUDI, i hav some trucs with circos,
i have the data but the visualization is failed. Can you help me?
Best regards,
FAthia ABOUDI



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Fathia ABOUDI
PhD Student in Neuroimaging and Dr in Clinical  Expertise MRI
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