Oi Diego, como vai?
Na verdade, este problema não é um problema. O cancelamento na Cielo e no Magento são dois passos distintos e você procedeu corretamente. No caso do Magento, o módulo não altera nada - o funcionamento se mantém o padrão. O que provavelmente ocorreu é que o seu pedido já estava faturado no Magento (criou-se uma fatura, ou invoice, se estiver em inglês). Neste caso, o Magento não permite cancelamento, permite somente que seja criado o reembolso. Qualquer coisa, tente replicar esta situação com uma outra forma de pagamento qualquer, o comportamento deve ser o mesmo.
Assim, está tudo normal na sua loja, e você procedeu da forma correta.
Fillipe.