En realidad es un tema de rapidez y seguridad.
Mysam y InnoDB son dos motores para tabla y la gran diferencia que la segunda es para hacer transacciones. Y que son las transacciones bueno imagínate que debe hacer varios proceso para registrar en 1 o más tablas un dato sensitivo que afecta a un usuario y las funciones en tu app. Si utiliza una tabla myIsam y cakephp normal cada vez que hagas save se guardaran los registros de manera secuencial. Pero digamos que luego de hacer el primer save en el segudo encuentras un error. Bueno no puede echar anterior atrás.
Bueno con InnoDB ya puede controlar todo esto por medio de usar commit y rollback que permite hacer save en memoria esperando la confirmación de todos los proceso o cancelar todo los proceso de escritura en la base de datos.
Puedes leer un poco más en internet.