Oi, Wesley
É assim mesmo. O Eclipse é meio chato com validação de arquivos XML. Ele marca o arquivo com um warning se ele não tiver uma tag especial indicando o encoding do arquivo, por exemplo.
Um dos jeitos de resolver esse problema é sair atrás de cada warning, vendo o que ele tá reclamando e corrigir. Outro jeito é desabilitar esses warnings para esse tipo de arquivo.
Para fazer essa segunda opção, você pode filtrar os tipos de warning que quer ver na janela "Problems". Vai nela e clica na seta pra baixo que tem do lado do botão para minimizar essa janela. Vai aparecer um menu; escolhe a opção "Configure Contents". Na janela que vai aparecer, deve ter uma lista de "Types" de problemas. Lá você pode desmarcar "XML Problem", por exemplo.