É que esse archetype é um webapp genérico. Ele apenas cria o básico, e depois você adiciona as dependências.
Para o propósito dele, que é gerar um webapp padrão, ele não pode mesmo adicionar beans.xml, bem vraptor, bem jpa, já que o propósito dele é apenas criar um webapp genérico. Para usar JPA, CDI, etc, tem outros archetypes. A lista é enorme, mas se você procurar lá tem.
O que eu quis dizer que com ele você pode criar um projeto web padrão, e depois adicionar a dependência do vraptor, e outras mais que você precise.
E para quem preferir tem também o scaffold, que gera o projeto todo completinho.
Tem também o link de um archetype para vraptor. Não conheço o autor, recebi esse link de um amigo. Dẽem uma olhada nele, e se não atender vocês, há a opção de complementar o archetype e enviar um pull request para o autor.
Há várias opções para cada gosto.