Bom Bruno se me ocorre que este programa funcionaria fazendo o seguinte.
1-Passo inicial (Referente ao svchost) desabilitando os programas/serviços do msconfig e tirando os programas que não estão no msconfig que estão no regedit (run/runonce) ao reiniciar dificilmente exista algum vírus na memoria (nem usando o svchost).
Somente não desabilita o executável do avast/avira/kaspersky da forma que vc escreveu já que em mais de 90% dos casos sempre estão instalados no endereço default
2-Depois o computador reiniciaria para não ter programas na memoria
Também poderia ter a opção de renomear os executáveis dos programas instalados(*1), exemplo excell.exe para excell.ex_ de essa forma temos certeza que o usuário não fara nada que possa por o vírus na memoria;
Depois para o programa funcionar baixaria o executável do seu site (o excell.exe da version correspondente) para por na pasta certa.
No seu site somente teria os executáveis mais comuns, os demais programas o usuário teria que reinstalar
(*1) Todos os possíveis, tanto da pasta windows como da pasta Arquivos de programas, vc poderia ter um backup no seu site de todos eles ou poderiam estar como parte do programa em uma pasta zipada
3-Por ultimo, deixar o chrome/ie/firefox nas configurações padrão sem complementos e então sim passar um antivírus
Nod32: poderia ser, mas a maioria por causa do vírus tem internet lenta/computador lento/reiniciando ou vírus que não deixa navegar nem executar qualquer antivírus.
Este passo a passo, mais ou menos é o que faço com meus clientes que não querem formatar.
Espero que te sirva.
Anibal