Biji tersimpan selama 32 ribu tahun masih viable

[Achmad Farajallah]

wa message:
Assalamu'alaikum Pak, saya --- PPKU ST-05.
Maaf Pak saya ingin bertanya. Di ppt materi minggu pertama, ada judul artikel "peneliti rusia menghidupkan kembali bunga berusia 32.000 tahun". Saya tertarik sekali pak dengan topik ini, setelah saya search, katanya bunga ini dihidupkan dari gen yang tersisa di fosil pak. Nah, untuk teknologi yang digunakan apa ya pak?

AFM replied:
Wa'alaikumussalam mbak ---
Versi jawaban pendek:
Sebenarnya tidak ada teknologi canggih yang terlibat.
Itu adalah news yg memberitakan keberhasilan peneliti Rusia menumbuhkan kembali biji yang tersimpan dalam permafrost, yaitu tumpukan es di daerah dekat kutub utara.
Si biji tersebut bagai disimpan dalam lemari es dalam jangka waktu yg sangat panjang.
Puncak jaman es terakhir terjadi paling akhir sekitar 20 ribu tahun lalu. Lambat-laun lapisan es mencair dan muncullah biji2an yang terperangkap di masa-masa sebelum puncak jaman es, yaitu sekitar 100 ribu tahun yg lalu. Ada yg bilang, biji2an tsb tertanam dalam es karena disimpan oleh bajing di dalam lubang sarang.
Teknologi yg paling mungkin terlibat adalah dalam hal peracikan komposisi media tumbuh, dan pengaturan kondisi lingkungan (suhu dan kelembaban). Sejak tahun 2007, banyak peneliti berusaha menganlisis biji2an yang terkelupas dari permafrost yang mencair (mis: http://real.mtak.hu/13077/1/1279289.pdf). Dan puncaknya, adalah keberhasilan tim peneliti Rusia, yaitu berhasil menumbuhkan mereka atau membuat mereka berkecambah. Dari titik laporan ini, beragam berita muncul dan melebar kemana-mana.

Informasi tambahan 1
Fosil adalah jejak peninggalan mahluk hidup, baik berupa jejak maupun si mahluknya itu sendiri. Setelah MH berubah menjadi fosil, berarti dia berubah dari bahan organik menjadi anorganik (bebatuan). Jadi kalo ada berita tentang DNA dari fosil, maka sebenarnya adalah DNA dari subfosil atau masih dlm tahap proses pembentukan fosil. Tentunya rantai molekul DNA yg sangat panjang menjadi terpotong-potong. Popularitas DNA dari fosil adalah dari kuburan manusia yg berumur beberapa tahun sampai sekitar 200 ribu tahun. Misalnya DNA fosil manusia Neanderthal dan Denisovan. Kalau Homo erectus yg umurnya lebih dari 500 ribu tahun, belum pernah ada laporan DNA-nya. Fosil Dino sebagian besar diatas 10 juta tahun.

Tambahan 2
Pada sem 3 th 1985-an, kost saya bertetangga dg rumah kost yg diisi oleh mhs2 senior Jurusan Agronomi Subjur Teknologi benih (sekarang Dep Agrikultur dan Hortikultura). Sebagaimana kebiasaan mhs di tempat kost saat itu yang belum ada internet dan HP maka kegiatanya adalah saling bertandang ke tetangga kos, ngobrol, diskusi, main truft/kartu atau catur, atau pun gitaran. Salah satu topik diskusi yg relevan dg yg dtanyakan si mbak adalah langkah hebat dari Prof Syamsjoed Sadjad yang menyimpan beragam jenis benih (biji2an) penting secara ekonomi di dalam tembok bangunan kampus Leuwikopo (lokasinya di depan pintu I Kampus Darmaga IPB saat ini).
Entah saat ini, bagaimana kabar biji yg ditanam dalam tembok itu, apakah masih viable (masih bisa tumbuh) atau ..... tidak tahulah. Semoga bisa mejadi aset penting IPB di masa mendatang.

Tambahan 3
Laporan viabilitas biji dari permafrost adalah sangat berbeda dg fiksi ilmiah di pembukaan film Jurassic park yang beredar di Bioskop2 th 1993-an. Ceritanya diangkat dari novel karangan Tuan Michael Chrichton th 1990. Dalam cerita itu, beberapa spesies Dino dipulihkan dari darah yang dihisap nyamuk, dan kemudian nyamuknya terperangkap di getah Amber dan memmbentuk fosil. Fosil tersebut ditemukan oleh enterpreneur dan DNAnya disusun ulang untuk merekonstruksi Dino. Beberapa informasi yg hilang dari runutan DNA kemudian diisi oleh runutan DNA yang homolog dari katak.
Entah kenapa si penulis mengambil DNA katak sebagai pengisi. Dino kan reptilia, sedangkan katak adalah amfibia. Keduanya mempunyai organisasi genom (kumpulan gen) yg sangat berbeda.
Pada saat itu, informasi genom katak lebih banyak tersedia dan populer sebagai hewan coba DNA-related techniques, selain mencit....
Salut utuk si penulis novel.... ada info ilmiah dikit langsung menerbitkan halusinasi yg menghasilkan uang luar biasa.

Tambahan 4
Saya masuk lab DNA tahun 1997-an. Ketika itu, kemampuan lab hanya bisa membaca 200-an basa dari runutan sampel DNA per sekali kerja. Jadi, antara fakta dan hayalan ilmiah memang akan selalu ada gap. Di akhir saya sekolah, sekitar th 2001-an, kami mampu membaca runutan DNA sampai 800-an bp sekali kerja. Panjang total runutan DNA vertebtara sekitar 3 milyar basa. Jadi, dalam kondisi tahun segitu, kapan ya.... kita bisa selesai membaca runutan basa sampai 3 milyar basa?

Sekarang, dalam sekali kerja kita bisa membaca 3 milyar basa dan sekaligus mengurutkan posisi2 gennya. Untuk manusia dan beberapa komoditi penting (padi, jagung, sapi, dsj) sudah ada laporannya. Untuk hewan/tumbuhan diluar komoditi penting, apalagi satwa liar, saya rasa belum ada yg pernah menganalisis (membaca) seluruh genomnya, dan juga bagaimana urut-urutan gennya dalam genom.
Lha..... Tuan Chrichton bisa berhayal bahwa ruas2 DNA yang hilang dari si Dino bisa diisi dengan ruas2 DNA dari katak.
Kreatifitas halu-nya si pengarang novel luar biasa dan efeknya: kaya raya.
Sekali lagi, film Jurassic Park itu fiksi ilmiah.
Setelah 30 tahun berselang sejak Novel dan film halunya menjadi bestseller dan beragam penghargaan best best lainnya, ternyata teknologi menyambung-nyambung ruas DNA dalam satu genom vertebrata belum bisa terwujud. Yang bisa dan biasa dilakukan hanyalah menyambung 1-2 ruas gen yang dikenal dengan teknologi DNA rekombinan (nanti akan dibahas pada kuliah ke-7).