grab -E
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Wannes Dermauw
Jun 21, 2016, 2:24:06 PM6/21/16
to biopieces
Hi I'm using the grab command to extract sequences from a fastq file using a list of sequence IDs (see attached):
read_fastq -i R1_fastq | grab -E Sanger_EST_reads_to_be_filtered_from_Sanger_bam.txt -v | write_fastq -xo R1_filter.fastq
but the resulting R1_filter.fastq stays empty
Records grabbed: 0
Records missed: 594534
Patterns used: 90144
If anyone could help me out with this (probably simple) issue, that would be great!
Wannes
list of sequence IDs (see also attached)
@gnl|ti|2267696790_CCZB9998/1
@gnl|ti|2267696788_CCZB9997/1
@gnl|ti|2267696792_CCZB9999/1
...
the fastq file looks like this:
@gnl|ti|2267696784_CCZB9995/1
ACGGGGGCGGCGCGCCAAACGAATGGTCTAGAAAGCTTCTCGAGGGCCGAGGCGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTATATATATATGTATGTGAGTACAACGATGATAAACAAATTACAACCAATAAAGCAACCCACAATGATTTAAAGAAGCCAACTGAGATGAGCAAAACAAAAAGCTAAGGGTGGATTAAATTGTTCACAATATGGACAGTGTTCAAGATGGAAATATGATGCTGAATCAAGTGAATTAGGTAGGTAAATGGTGTGTTTAGAGCCAATCATAATCCATAATGATCATCATTTGACCGGGTCATTTGTATACATTTGAATAATTGTGTGATCTGAAGGTTAACAAGTCAGACAAGGGTAATTCAATGTGTCTATAAGATGATTATTTTTAATGGTAATCATTGGGAATGGTGATCAGGTTATCCTTGTTCATTTGATTACGTGGTTCTCAGTGAATCTGAGAAGGTTAATTTGATTGCTCACAATTGATTCTCAGAGAGAAGTGGGTAACCAGTGGAGCAACTTTACCATGTAAACAACTGTACAGTCCCAAAATTACAATACAACCAAAACAGCATTTCCATGTATATTAGTCCTGTTTTGGGCTTTAATAATGCTAAATTTATCCAAGGTTGACTTCAAGTCTTGGGAAGATTTTATCATCTCTCATCACTATATTGCTGGGTTGACACCAAGGATAAAAAATTTATCTAAAGAATCTTTATCATTTCTGTCCTTTTCTGTCTTTTTTTTGTCTTCATCCTTTCTCATTGTTTTCTAACACAATACTGTGCTATTTGGACTTCTAATCATTGTCTTTTCTCTCGTTTGTTTCAGGTTTACTCACAATCTGGTACCAT
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@gnl|ti|2267696786_CCZB9996/1
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@gnl|ti|2267696790_CCZB9998/1
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@gnl|ti|2267696792_CCZB9999/1
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Martin Asser Hansen
Jun 21, 2016, 3:18:33 PM6/21/16
to biop...@googlegroups.com
Remove the @ from the ids in your list. The @ is not part of the FASTQ id.
Cheers,
Martin
--
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "biopieces" group.
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to biopieces+...@googlegroups.com.
For more options, visit https://groups.google.com/d/optout.
Wannes Dermauw
Jun 21, 2016, 4:03:39 PM6/21/16
to biopieces
Thank you for the quick reply!
It worked
Op dinsdag 21 juni 2016 21:18:33 UTC+2 schreef maasha:
Op dinsdag 21 juni 2016 21:18:33 UTC+2 schreef maasha:
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