Quando os cromómeros são tratados com substâncias químicas que reagem
com o DNA, como o corante de Feulgen, são reveladas visualmente
regiões distintas com características de coloração diferentes. As
regiões densamente coradas são chamadas de heterocromatina, e as
regiões pouco coradas são chamadas de eucromatina. A distinção
reflecte o grau de compactação ou helicoidização do DNA no cromossoma.
A heterocromatina pode ser constitutiva ou facultativa. O tipo
constitutivo é uma característica permanente de um local cromossómico
específico como o nome sugere, é às vezes, mas nem sempre, encontrado
num local cromossómico em particular. Os padrões de heterocromatina e
eucromatina ao longo de um cromossoma são bons marcadores
citogenéticos.
Apresenta o material genético mais compactado e aparece com maior
frequência no núcleo denso (parte mais escura da cromatina) e existe
em maior quantidade em células menos activas.
Regiões nas quais a cromatina encontra-se desespiralada na Interfase
constituem a eucromatina. Nestas áreas, os nucleossomas afastam-se uns
dos outros, expondo os genes que podem, assim, "trabalhar"
normalmente, isto é, ser transcritos. Na divisão celular, as regiões
de eucromatina também se condensam, juntamente com a heterocromatina
dando um aspecto uniforme, de bastões cromossómicos à cromatina como
um todo.