Taksonomska baza, vežite se polećemo! :)

[Милош Поповић]

Društvo, 

Nikola je povezao lokalne Biologer servere sa taksonomskom bazom podataka. Ako želite da dodate novu vrstu ili napravite neke izmene morate da to uradite na taxa.biologer.org. Testirajte i šaljite ako ima nekih problema ili ideja oko tog dela.

Podhitno treba da smislimo pravila o tome ko može biti taksonomski urednik, nalik onome što imamo u lokalu za korisnike. Meni sve više ima logike da imamo glavne urednike koji mogu da menjaju taksonomiju i urednike tekstova koji bi praktično mogli da uređuju samo opise vrsta, što bi bio prvi korak ka tome da imamo wikipedia style praćenje izmena u tekstovima za neke buduće projekte.

Pozdrav,

M

[Jozef Dozsai]

Za početak:

Za Srbiju smo imali definisanu bazu, a sad se javljaju sledeći problemi:

1) nestali čitavi rodovi, ne jave se ni na pretragu.
2) pojavili se nejasni sinonimi kao glavne vrste (neki i ne žive na Balkanu).
3) Potraga na srpska imena kao da više ne radi?
4) Kao da je ceo sistem jako usporio?

Primeri:
a) Odmah prva vrsta u bazi Allium albidum Fischer ex Bieb. ne postoji,
sinonim je od Allium denudatum F. Delaroche i ne živi na Balkanu.

b) U potvrđenima se javi recimo mnoštvo overenih nalaza Onopordum
illyricum, ali ne i u potragi. Ceo rod je nestao iz glavnog dela
(overe se mogu unositi, zasad nisam primetio da vrsta fali).

Šta sad da se radi? Da li je još sve u fazi izrade? Da li čekamo na još nešto?

Kako npr. kao moderator da unosim identifikovane nove vrste (za floru
i faunu) da bi ih mogao overiti i kako da obrišem one koje nisu deo
flore (faune). Za svaku vrstu pišem pismo višem administratoru sa
ovlašćenjem? Ili vrste kojih nema u zemlji samo meni smetaju i treba
ostanu na listama?

(pišem u ime ostalih, ja mislim da imam admin prava ali nemam zamisli
kako će ovo da funkcioniše...)

> --
> Ову поруку сте добили зато што сте пријављени на Google групу „Biologer“.
> Да бисте отказали пријаву у ову групу и престали да примате имејлове од ње,
> пошаљите имејл на biologer+u...@googlegroups.com.
> Да бисте видели ову дискусију на вебу, посетите
> https://groups.google.com/d/msgid/biologer/CAMcyMfrJWPDjq77RocR2MjwkKL%2B8RjQ3VFqrJKn_DSjODpOpPQ%40mail.gmail.com.
> За више опција посетите https://groups.google.com/d/optout.
>

[Toni Koren]

Pozdrav svima.

Ja sam se evo logirao, ali ne vidim ništa osim "Kontrolna ploča" te ne znam gdje trebam kliknuti :)

Ili me netko treba odobriti?

Да бисте видели ову дискусију на вебу, посетите https://groups.google.com/d/msgid/biologer/CAF0oUHgUzE%3DMiv29a9%3DFrjYvEV%2B8EjeE726Xdr567tp7wn_ibg%40mail.gmail.com.

[gpo...@gmail.com]

Koje grupe treba da ti dodelim, samo Lepidoptera ili?

У пон, 12. 06 2023. у 10:10 +0200, Toni Koren пише:

[Toni Koren]

Hm, to je dobro pitanje.

Možda stvarno da napravimo pravila čim prije kako ćemo komunicirati oko toga?

Za Hrvatsku uglavnom ja vodim taksonomski dio priče, i nije mi problem da to i dalje radim. No ako je jednostavnije da netko drugi to preuzme, nije problem (za druge non Lepidoptera skupine mislim).

No moramo onda vidjeti kako ćemo si javljati probleme i komunicirati oko toga. Kada recimo treba ubaciti neki novi takson, promijeniti prisutnost u zemlji itd. Što mislite?

[Dejan Kulijer]

S obzirom da je sada taksonomija zajednicka meni ima logike da imamo glavnog urednika tax grupe koji ce biti urednik za sve drzave i on bi radio promjene u bazi. Pored toga bi mozda trebali imati po jednog urednika za svaku drzavu koji bi komunicirao sa glavnim urednikom za promjene bitne za tu drzavu? Naravno za neke grupe mozda ce biti i jedna osoba za sve drzave jer nema niko drugi. Dakle jedna osoba sa pravima da radi izmjene i odgovorni po drzavama da sa tom osobom komuniciraju. To formalno, a u praksi moze i par ljudi dijeliti tu ulogu ako su grupe vece, ima puno dopuna i sl.?

Ову поруку сте добили због тога што сте се пријавили у групу „Biologer“ у Google групама.

Да бисте отказали пријаву у ову групу и престали да примате имејлове од ње, пошаљите имејл на biologer+u...@googlegroups.com.

Да бисте погледали ову дискусију на вебу, посетите https://groups.google.com/d/msgid/biologer/CAFFGYwNvemBD8vazQWaKODiYm7gMs6c6eqH9bEA%2BPyrO8_LX_g%40mail.gmail.com.
За више опција, посетите https://groups.google.com/d/optout.

--

Dejan Kulijer

National Museum of Bosnia and Herzegovina
Zmaja od Bosne 3,
71 000 Sarajevo
Tel.: +387 63 732 051, +387 62 712 541

www.zemaljskimuzej.ba

[gpo...@gmail.com]

Drago mi je da vidim da se Denis, Toni, Dejan i ja generalno slažemo
oko ovoga. Ono što sam već napravio je da postoji po jedan
administrator iz svake države (Bojana-Me, Toni-Hr, Dejan-Ba i ja-Rs).

Denise, registruj se na taxa.biologer.org, pa ćemo te dodati za
Coleoptera. Joži i Bojana su urednici za biljke. Toni je urednik za
Lepidoptera, Dejan za Odonata. Za ostalo čekam da se ljudi jave. Toni,
sada bi trebao da vidiš vrste i da možeš da menjaš grupu Lepidoptera.

Ali hajde da to stvaro pretočimo u 1) neki pravilnik i da 2) rešimo
kako ćemo komunicirati. Meni ima smisla da komunikacija ide ovde na
javnu mejl listu, ali možemo otvoriti i listu za urednike da ne
opterećujemo ostale.


Pozdrav,

Miloš


У пон, 12. 06 2023. у 10:40 +0200, Dejan Kulijer пише:

[Branko Karapandža]

I ja se slažem. Volontiram za sisare.

Pozdrav

Branko

Да бисте видели ову дискусију на вебу, посетите https://groups.google.com/d/msgid/biologer/0f1770d9a7170776d8dce6eaf206081bcc2bbf12.camel%40gmail.com.

[gpo...@gmail.com]

Joži,

Juče je bilo nekih problema, pa i nešto je u međuvremenu ispravljeno.
Tj. ponovo je od početka ažurirano celo taksonomsko stablo iz svih
zajedničkih baza, tako da su i nove izmene ušle u zajedničku
taksonomiju.

> 1) nestali čitavi rodovi, ne jave se ni na pretragu.

Bravo Joži. Izgleda da ima neki problem sa biljkama iz Magnoliophyta.
Rešavamo nadam se uskoro.

> 2) pojavili se nejasni sinonimi kao glavne vrste (neki i ne žive na
> Balkanu).

Misliš na problem kao što si opisao sa Allium albidum? Da li si siguran
da ih nije bilo ranije? Pošto ovaj korak povezivanja ne bi treba da
doda nove vrste u našu bazu.

> 3) Potraga na srpska imena kao da više ne radi?

Kod mene radi, da nije neka iz grupe magrnoliophyta koja inače pravi
problem?

> Šta sad da se radi? Da li je još sve u fazi izrade? Da li čekamo na
> još nešto?

Sad testiramo, baš kao što si ti krenuo, a ako se jave ovakvi problemi
rešavamo ih u hodu. Trudili smo se da sve bude bezbolno, ali neminovno
je da kod ovako velike migracije bude takvih problema.

> Kako npr. kao moderator da unosim identifikovane nove vrste (za floru
> i faunu) da bi ih mogao overiti i kako da obrišem one koje nisu deo
> flore (faune). Za svaku vrstu pišem pismo višem administratoru sa
> ovlašćenjem? Ili vrste kojih nema u zemlji samo meni smetaju i treba
> ostanu na listama?

Sad si i na taxa.biologer.org, pa možeš sam. Ali da, moramo da imamo
nekoga ko će voditi računa o tome i da se njemu javimo ako želimo da
dodamo neku novu vrstu.

Ništa ne brišeš na taksonomiji, samo odčekiraš da vrsta ne živi u
Srbiji i automatski će se ažurirati kod nas. U tom trenutku vrsta neće
biti obrisana na biologer.rs, ali ćeš dobiti mogućnost da je obrišeš
(pojavi se ikonica kantice za smeće). Ako si siguran da nema nalaza za
tu vrstu u bazi (uključujući i literaturne) slobodno možeš da je
obrišeš. Mora tako da bude za sada zato što smo odlučili da zadržimo
litaraturne nalaze.

[gpo...@gmail.com]

Branko, ajde registruj se na taxa.biologer.org pa ću te dodati za
urednika.


У пон, 12. 06 2023. у 12:16 +0200, Branko Karapandža пише:

[Јелена Шеат]

Ako se niko ne otima za stenice (Heteroptera), ja ću se prihvaiti. Mada mogla bih i da delim urednički posao sa Mateom ili nekim trećim.

[Matea Martinović]

na raspolaganju sam za heteroptere

Ову поруку сте добили због тога што сте се пријавили у групу „Biologer“ у Google групама.

Да бисте отказали пријаву у ову групу и престали да примате имејлове од ње, пошаљите имејл на biologer+u...@googlegroups.com.

Да бисте погледали ову дискусију на вебу, посетите https://groups.google.com/d/msgid/biologer/1c04df9d-85c7-40ec-b638-a4a4de0ddae7n%40googlegroups.com.

[Jozef Dozsai]

Kao prvo, slažem se za ovakovo limitiranje prava pristupa taxo-bazi.
Onaj ko ne zna šta radi može napraviti baš veliku zbrku.
Iako imam rutinu i sam sebi sam stvarao teško rešive probleme, tipa
unesem vrstu overim, ali se ispotavi da je sinonim, brisanje,
ispravljanje... ili unesem rod a čekiram da je vrsta itd. itd.

Ali opet s druge strane da ne ispadnemo iz sedla: dosad je moderator
grupe morao sam da unosi nove taksone jer to niko nije uradio za njega
(niti će verujem ubuduće) a njemu je ruka potpuno vezana, ako za svaki
novi nalaz nove vrste za državu mora druge da moli... dotle nalaz
ostaje neoveren (već imam tuce na .ba).

Koristim priliku da kažem da nema "jasnih" stvari u biogeografiji.
Neko je preko ramena napisao šta će nam pojedini podaci (npr razvojne
faze) kad je sve to jasno. Ako se mislilo na "magičnu" literaturu, one
ili nema ili je zastarela.

Svakim danom dobijamo nalaze koji nam neverovatno proširuju spoznaju o
arealima. Ljudi ovo je biološka avantura! Takođe, svi znamo da je u
toku izmena klime, nije svejedno kada i zašto se neka ptica recimo
javila mesec dana ranije od onoga što znamo iz "literature"...


Što se tiče kontrolisanja izmena u takso bazi, to bi trebalo da je
automatizovano.
Miloše, zašto da izmišljamo španski vosak? Sam si pominjao Vikipediju.
Tamo glavni admin nekako elektronski vidi svaku izmenu i samo je vraća
u slučaju problema.
Zamislite da za svaku novu izmenu dobije mejl sa porukom promeni mi
ovo promeni ono? To bi bila ludnica.

Treba rešiti neku vrstu automatizaciju preko servera.


E da, literaturni. Oni se jedino vide kada otvorim mapu na glavnoj
strani. Obično listiram overene nalaze... Zaista mogu biti i opskurni
nalazi u literaturi, nažalost vrlo često, o vrstama koje su se
mistično "pojavile" ... kao Colias myrmidone i Aeshna viridis...
poznat ti je Miloše problem verovatno :D


Navikli smo se na stari sistem, i na ovaj ćemo :)

I još jeno važno pitanje - hoće li se uskoro uvući gljive u Biologer.ba?

[Matea Martinović]

uuuuu, i kad će biljke u biologer hr? to nam je jedvoček!

--
Ову поруку сте добили зато што сте пријављени на Google групу „Biologer“.
Да бисте отказали пријаву у ову групу и престали да примате имејлове од ње, пошаљите имејл на biologer+u...@googlegroups.com.

Да бисте видели ову дискусију на вебу, посетите https://groups.google.com/d/msgid/biologer/CAF0oUHg9iGhXk4uYSeZ3cbCdZK5fvzgncduOXduVS7QD5PXn-g%40mail.gmail.com.

[Toni Koren]

Pa evo sada, zato je važno da se dogovorimo kako da to najbezbolnije odradimo 🙂

Ову поруку сте добили због тога што сте се пријавили у групу „Biologer“ у Google групама.

Да бисте отказали пријаву у ову групу и престали да примате имејлове од ње, пошаљите имејл на biologer+u...@googlegroups.com.

Да бисте погледали ову дискусију на вебу, посетите https://groups.google.com/d/msgid/biologer/CADRDvaP%2BA9VaEAZutrSyaiWEJqJ%2BGQrt4zHw34atobCbRnRshQ%40mail.gmail.com.

[Jozef Dozsai]

Sa biljkama - we are rocking!

Treba Vam samo dva-tri ludjaka koji unose svaki dan i moderator se
samo hvata za glavu :D

[Jozef Dozsai]

Miloše, neću da kažem svaka čast jer se plašim skrivenih grešaka - ali
sredili ste!

[Jozef Dozsai]

Bug na ba: pojedine vrste ne otvaraju glavnu stranu vrste.

Npr. rod Blitum (nema ni u ponudi pretrage).

Greška u kucanju: ispod gde piše status vrste stoji "Taxin is
allohtonous" umesto "Taxon..."


Taxa.org RADI, kad vrste ima u bazi (većine ima) samo čekiraš gore
državu - netreba se bakljati sa taksonomskim problemima!

Srdjan verovatno ima pristup gljivama - samo treba da čekira za BiH i CG.

Za ptice nisam dobio prava, a šteta je ne uneti desetak najzbunjujućih
sinonima. Ako dobijem pravo (a niko drugi neće) uradiću. Mogu li
dobiti admin pravo samo na par dana? :)

[gpo...@gmail.com]

У пон, 12. 06 2023. у 16:44 +0200, Jozef Dozsai пише:

> Kao prvo, slažem se za ovakovo limitiranje prava pristupa taxo-bazi.
> Onaj ko ne zna šta radi može napraviti baš veliku zbrku.
> Iako imam rutinu i sam sebi sam stvarao teško rešive probleme, tipa
> unesem vrstu overim, ali se ispotavi da je sinonim, brisanje,
> ispravljanje... ili unesem rod a čekiram da je vrsta itd. itd.

Baš tako. Može da se lepo zezne nešto ako ne znaš šta radiš.

> Ali opet s druge strane da ne ispadnemo iz sedla: dosad je moderator
> grupe morao sam da unosi nove taksone jer to niko nije uradio za
> njega
> (niti će verujem ubuduće) a njemu je ruka potpuno vezana, ako za
> svaki
> novi nalaz nove vrste za državu mora druge da moli... dotle nalaz
> ostaje neoveren (već imam tuce na .ba).

A meni baš lepo dođe da ne moram više da brinem o leptirima, sad možete
na miru Tonija da gnjavite :D Ali da, ako nešto bude hitno, mogu i
administratori neke očigledne propuste da srede.

> Koristim priliku da kažem da nema "jasnih" stvari u biogeografiji.
> Neko je preko ramena napisao šta će nam pojedini podaci (npr razvojne
> faze) kad je sve to jasno. Ako se mislilo na "magičnu" literaturu,
> one
> ili nema ili je zastarela.
>
> Svakim danom dobijamo nalaze koji nam neverovatno proširuju spoznaju
> o
> arealima. Ljudi ovo je biološka avantura! Takođe, svi znamo da je u
> toku izmena klime, nije svejedno kada i zašto se neka ptica recimo
> javila mesec dana ranije od onoga što znamo iz "literature"...

I ja jedva čekam da ljudi krenu da koriste biologer podatke za analize,
to će biti još uzbudljivije. A mislim da smo baš narasli za ozbiljne
stvari. Imamo blizu pola milijona nalaza kada se sve sakupi, danas sam
nešto računao.

> Što se tiče kontrolisanja izmena u takso bazi, to bi trebalo da je
> automatizovano.

Da, gde god može jeste, a predlozi su dobrodošli.

> Miloše, zašto da izmišljamo španski vosak? Sam si pominjao
> Vikipediju.
> Tamo glavni admin nekako elektronski vidi svaku izmenu i samo je
> vraća
> u slučaju problema.
> Zamislite da za svaku novu izmenu dobije mejl sa porukom promeni mi
> ovo promeni ono? To bi bila ludnica.

To je softverski jako teško da se implementira i nismo predvideli da u
ovoj turi gnjavimo Nikolu oko toga. I to je jedini razlog, puno posla
manjak programerskog vremena.

> Treba rešiti neku vrstu automatizaciju preko servera.
>
>
> E da, literaturni. Oni se jedino vide kada otvorim mapu na glavnoj
> strani. Obično listiram overene nalaze... Zaista mogu biti i opskurni
> nalazi u literaturi, nažalost vrlo često, o vrstama koje su se
> mistično "pojavile" ... kao Colias myrmidone i Aeshna viridis...
> poznat ti je Miloše problem verovatno :D

Da, nevolje s literaturnima su posebna priča :D

> I još jeno važno pitanje - hoće li se uskoro uvući gljive u
> Biologer.ba?

Generalno samo treba da se čekiraju sad u taksonomskoj bazi i to je to.
Ne znam da li da se nekako automatizuje taj proces.

[Милош Поповић]

Kako me nasmeja sa ovim jedvoček :D Ajde registruje se na
taxa.biologer.org pa ću te dodati sa Jelenom za stenice.


У пон, 12. 06 2023. у 17:24 +0200, Matea Martinović пише:

[Милош Поповић]

У пон, 12. 06 2023. у 18:36 +0200, Jozef Dozsai пише:

> Bug na ba: pojedine vrste ne otvaraju glavnu stranu vrste.
>
> Npr. rod Blitum (nema ni u ponudi pretrage).

Blitum je bila vezana za Bryophyta, tako da se pojavljivala u
mahovinama :D

> Greška u kucanju: ispod gde piše status vrste stoji "Taxin is
> allohtonous" umesto "Taxon..."

Stavio u zadtke:
https://github.com/Biologer/Biologer-Taxonomy/issues/26

> Taxa.org RADI, kad vrste ima u bazi (većine ima) samo čekiraš gore
> državu - netreba se bakljati sa taksonomskim problemima!
>
> Srdjan verovatno ima pristup gljivama - samo treba da čekira za BiH i
> CG.

Da, možemo čekirati kako se koja gljiva doda, da programeri čekiraju
direktno u SQL bazi ili da smislimo alat za čekiranje više država
odjednom. Ovo poslednje može biti korisno ako nam se pridružuju nove
države u zvanične Biologer zajednice.

> Za ptice nisam dobio prava, a šteta je ne uneti desetak
> najzbunjujućih
> sinonima. Ako dobijem pravo (a niko drugi neće) uradiću. Mogu li
> dobiti admin pravo samo na par dana? :)

Za ptice imamo ažurne urednike, ali ako baš hoćeš još posla preko ovoga
mogu da te dodam da dopuniš sinonime :D


Pozdrav,

Miloš

[Милош Поповић]

Inače i za čekiranje više vrsta za neku državu smo već otvorili request
na gitu, sad sam malo dopunio:
https://github.com/Biologer/Biologer-Taxonomy/issues/18

[Matea Martinović]

Registrirala sam se

[gpo...@gmail.com]

Dobila si unapređenje upravo :D

У уто, 13. 06 2023. у 10:03 +0200, Matea Martinović пише:

[Toni Koren]

Bok.

Evo bugova: nestali neki tekstovi o vrstama - herpetofauna, nestale neke vrste, Arytrura musculus

--
Ову поруку сте добили зато што сте пријављени на Google групу „Biologer“.
Да бисте отказали пријаву у ову групу и престали да примате имејлове од ње, пошаљите имејл на biologer+u...@googlegroups.com.

Да бисте видели ову дискусију на вебу, посетите https://groups.google.com/d/msgid/biologer/82c50627b0580f668119b4045fab2405daf2c2cf.camel%40gmail.com.

[gpo...@gmail.com]

Hej Toni, jel znaš možda konkretno za koje taksone su nestali tesktovi?
Za leptire sam skontao šta je, kod vas je bilo Heterocera, koja sada ne
postoji na taksonomiji.


У сре, 14. 06 2023. у 09:46 +0200, Toni Koren пише:

[Toni Koren]

Hej.

Pa mislim da za većinu vrsta herpetofaune, tekstove smo imali za sve vrste.

[gpo...@gmail.com]

U pravu si Toni! Neki tekstovi su nestali, evo u prilogu verzija
taksonomije koja je skinuta sa Biologer.hr pre nego što smo je
prebacili. Tu su i opisi, nešto sam krenuo da vraćam, ali nemam vremena
sve da vratim sada. Ako stignete možete i vi, ako ne ja ću kad stignem.



У сре, 14. 06 2023. у 20:03 +0200, Toni Koren пише:

[Jozef Dozsai]

Plašio sam se jako, ali sad mislim da je taxa.org korak napred, ali
nije moglo baš bezbolno :D :D

[Ivona Burić]

Bok Miloš,

mogu ja neke tekstove vraćati po malo, ali koliko sam shvatila moram to sad raditi preko Biologer.org, ako je tako onda mi trebaš dati dopuštenje barem za herpetofaunu za početak.

lp,

Ivona

Ivona Burić, mag.oecol. et prot. nat.

Executive Director, Senior Expert associate - Herpetology
Association Hyla

mob. 038595 199 8001

e-mail: ivona...@hhdhyla.hr

Lipovac I br.7, HR - 10000 Zagreb

--
Ову поруку сте добили зато што сте пријављени на Google групу „Biologer“.
Да бисте отказали пријаву у ову групу и престали да примате имејлове од ње, пошаљите имејл на biologer+u...@googlegroups.com.

Да бисте видели ову дискусију на вебу, посетите https://groups.google.com/d/msgid/biologer/542487ec59f459db987456d83e2655452b41331a.camel%40gmail.com.

[Милош Поповић]

Da, baš tako Ivona, dodaću te za urednika kad se vratimns terena.

[gpo...@gmail.com]

ZDravo Ivona,

Dodao sam te kao urednika za herpetologiju, tako da možeš sređivati i
tekstove sada. Ja sam ubaocio par. Neki su već tu, tako da ne znam kako
se to desilo da se izgube.



Pozdrav,
Miloš


У нед, 18. 06 2023. у 18:36 +0200, Ivona Burić пише: